Богоявленский собор, один из старейших храмов Томска, история которого начинается с деревянной церкви, возведенной в 1630 году. В 1858 году на месте алтаря этой церкви была построена часовня в честь Иверской иконы Божией Матери. Современное каменное здание собора в стиле барокко начали строить в 1777 году. Нижний этаж освятили в 1784 году в честь Богоявления Господня. Вскоре в нижнем этаже появился придел Архангела Михаила, а в верхнем, Ильинский и Спасский приделы.

Храм играет важную роль в истории Томска. С 1892 года при соборе действовало попечительство о бедных, а с 1898 года, церковно-приходская школа. Здесь также работала библиотека с 400 томами книг. Поскольку храм посвящен Богоявлению, ежегодно 19 января на Крещение из собора устраивался крестный ход к реке Томь для Великого водоосвящения. Крестные ходы также проводились на Пятидесятницу и в праздник Первого Спаса.

Собор был закрыт для богослужений в 1930 году, и в его стенах открыли курсы Сибжелдорстроя. В 1936 году здесь разместилась вермишелевую фабрику, а в 1942 году был эвакуирован завод «Красный богатырь». С 1947 по 1994 год в здании находился Томский завод резиновой обуви. Во второй половине XX века храм сильно пострадал: были сняты купола и кресты, разрушен восьмерик колокольни, добавлены новые постройки, а на южном фасаде изменили декор и форму окон.

Восстановление Богоявленского собора началось в 1997 году после его возвращения Русской Православной Церкви в 1995 году. В 2000 году в храме возобновились ежедневные богослужения. При соборе работают воскресная школа, молодежный клуб и православная община глухих.

Главной святыней храма является частица мощей святого великомученика и целителя Пантелеймона, привезенная из Москвы в 2001 году Преосвященным Ростиславом.