La cathédrale de l'Épiphanie, l'un des plus anciens temples de Tomsk, a une histoire qui commence avec une église en bois, érigée en 1630. En 1858, une chapelle en l'honneur de l'icône de la Mère de Dieu de Iver a été construite à l'emplacement de l'autel de cette église. Le bâtiment moderne en pierre de la cathédrale, de style baroque, a commencé à être construit en 1777. Le rez-de-chaussée a été consacré en 1784 en l'honneur de l'Épiphanie du Seigneur. Peu après, une chapelle dédiée à l'archange Michel est apparue au rez-de-chaussée, tandis qu'au niveau supérieur, les chapelles d'Ilia et de la Transfiguration ont été ajoutées.

Le temple joue un rôle important dans l'histoire de Tomsk. Depuis 1892, une œuvre de charité pour les pauvres a été active auprès de la cathédrale, et depuis 1898, une école paroissiale. Une bibliothèque avec 400 volumes de livres y a également fonctionné. Étant donné que le temple est dédié à l'Épiphanie, chaque année, le 19 janvier, une procession a été organisée depuis la cathédrale vers la rivière Tom pour la Grande bénédiction de l'eau. Des processions ont également eu lieu à la Pentecôte et lors de la fête de la Première Sauveur.

La cathédrale a été fermée aux services religieux en 1930, et des cours de Sibjelstroy y ont été ouverts. En 1936, une usine de vermicelle y a été installée, et en 1942, l'usine « Rouge héros » a été évacuée. De 1947 à 1994, le bâtiment a abrité l'usine de chaussures en caoutchouc de Tomsk. Dans la seconde moitié du XXe siècle, le temple a beaucoup souffert : les dômes et les croix ont été enlevés, l'octogonal du clocher a été détruit, de nouvelles constructions ont été ajoutées, et la décoration et la forme des fenêtres sur la façade sud ont été modifiées.

La restauration de la cathédrale de l'Épiphanie a commencé en 1997 après son retour à l'Église orthodoxe russe en 1995. En 2000, les services quotidiens ont repris dans le temple. Une école du dimanche, un club de jeunes et une communauté orthodoxe de sourds fonctionnent auprès de la cathédrale.

La principale relique du temple est une parcelle des reliques de saint grand martyr et guérisseur Panteleimon, apportée de Moscou en 2001 par l'ordinaire Rostislav.