La catedral de la Epifanía, uno de los templos más antiguos de Tomsk, cuya historia comienza con una iglesia de madera construida en 1630. En 1858 se construyó una capilla en el lugar del altar de esta iglesia en honor a la icono de Iver de la Madre de Dios. El moderno edificio de piedra de la catedral en estilo barroco comenzó a construirse en 1777. El piso inferior fue consagrado en 1784 en honor a la Epifanía del Señor. Pronto, en el piso inferior apareció una capilla en honor al Arcángel Miguel, y en el superior, las capillas de Elías y de la Transfiguración.

El templo juega un papel importante en la historia de Tomsk. Desde 1892, funcionó una beneficencia para los pobres en la catedral, y desde 1898, una escuela parroquial. También había una biblioteca con 400 volúmenes de libros. Dado que el templo está dedicado a la Epifanía, cada año, el 19 de enero, durante el Bautismo, se organizaba una procesión desde la catedral hacia el río Tom para la Gran Bendición del Agua. Las procesiones también se llevaban a cabo en Pentecostés y en la festividad de la Primera Salvación.

La catedral fue cerrada para los servicios religiosos en 1930, y en sus muros se abrieron cursos de Sijzheldorstroi. En 1936, se estableció una fábrica de vermicelios aquí, y en 1942 se evacuó la fábrica "Rojo Guerrero". Desde 1947 hasta 1994, el edificio albergó la fábrica de calzado de goma de Tomsk. En la segunda mitad del siglo XX, el templo sufrió graves daños: se retiraron las cúpulas y cruces, se destruyó el octógono del campanario, se añadieron nuevas construcciones y se modificó la decoración y la forma de las ventanas en la fachada sur.

La restauración de la catedral de la Epifanía comenzó en 1997 tras su regreso a la Iglesia Ortodoxa Rusa en 1995. En 2000, se reanudaron los servicios diarios en el templo. En la catedral funcionan una escuela dominical, un club juvenil y una comunidad ortodoxa de sordos.

La principal reliquia del templo es una parte de las reliquias del santo gran mártir y sanador Pantaleón, traída de Moscú en 2001 por el Obispo Rostislav.