Енисейский Иверский девичий монастырь, изначально известный как Иверский женский монастырь, был основан в 1623 году, хотя существуют и другие версии. Основательницей считается Параскева из Нижнего Новгорода, но и здесь есть разные мнения. Изначально монастырь был посвящен Рождеству Христову и назывался Христорождественским, как и деревянная церковь, которая сгорела в 1673 году. На ее месте за год построили новый деревянный храм в честь Владимирской Иконы Божией Матери. Пожары не раз влияли на судьбу монастыря.

В конце XVII века в Енисейске появилось много ссыльных, и в монастыре было создано отделение с решетками для содержания важных преступниц. Здесь находилась Прасковья Салтыкова, будущая супруга царя Иоанна Алексеевича, а также юная Мария Волынская, дочь царедворца, которая была пострижена в монахини, но через год вернулась к прежнему статусу.

Монастырь был малочисленным, состоял из 7 сестер, включая настоятельницу: 4 монахини и 3 инокини. Сестры обеспечивали монастырь овощами и помогали нуждающимся, что составляло их благотворительную деятельность. В 1758 году вместо старой деревянной церкви открылась каменная Христорождественская церковь с двумя этажами и шестью приделами. Она считалась самой богатой в Сибири, но между приходом и монастырем возникли споры, которые разрешил пожар 1869 года, уничтоживший все имущество, кроме двух каменных корпусов. Однако монастырь был восстановлен, и в 1782 году освятили новую церковь в честь Иверской Иконы Божией Матери, после чего монастырь стал называться Иверским.

В 1843 году при игуменье Евгении в монастыре поселился местночтимый святой старец Даниил Ачинский, который был похоронен здесь, и над его могилой построили каменную часовню.

В 1865 году при монастыре открыли училище для девиц духовного звания.

Монастырь процветал до 1920 года, когда монахини, чтобы защитить его от советской власти, создали сельскохозяйственную артель. Однако это помогло ненадолго, и через три года монастырь закрыли.

Восстановление монастыря началось в 1998 году под руководством настоятельницы монахини Варвары. В 2002 году был восстановлен Воскресенский храм, и в Иверской церкви возобновились службы.