Музей-заповедник «Неаполь Скифский» был основан в 2011 году по инициативе совета министров Автономной Республики Крым. Экспозиция музея расположена на благоустроенной туристической площадке, где находился Южный дворец Неаполя Скифского, крупнейшая варварская крепость Северного Причерноморья II века до н. э. и III века н. э., упоминаемая в античных эпиграфических источниках.

Созданию музея предшествовала долгая история археологических исследований. В начале XIX века развалины древнего укрепления на плато Керменчик активно использовались для добычи строительного камня. В 1827 году собиратель древностей А. И. Султан-Крым-Гирей Ката Гирей заметил на повозке, перевозившей камень с Керменчика, известняковую плиту с изображением всадника и два мраморных постамента с греческими надписями. Он приобрел эти камни и сообщил о них директору Одесского музея древностей И. П. Бларамбергу, который провел небольшие раскопки. Были найдены обломки рельефов, несколько золотых бляшек и фрагмент черепицы с клеймом. В 1834 году исследования продолжил швейцарский путешественник Фредерик Дюбуа де Монпере, который осмотрел городище, составил новый план и исследовал несколько склепов и курган на Восточном некрополе.

В 1853 году российский археолог граф А. С. Уваров провел значительные раскопки, отметив, что Неаполь изначально был греческим поселением, основанным выходцами с Родоса, но позже стал резиденцией и крепостью скифских царей. В 1926 году началось строительство резервуара для водоснабжения Симферополя, что привело к разрушению части южной оборонительной стены. Раскопками руководил археолог Н. Л. Эрнст, который в 1927 году исследовал несколько склепов на Западном некрополе. После Второй мировой войны начались масштабные раскопки в районе центральных ворот, включая исследования мавзолея Скилура и южной оборонительной стены. Было открыто западное башенное захоронение скифской знати, а также здания с портиками и зернохранилища.

С 1954 по 1959 год раскопки велись на территории у центральных ворот и Восточного некрополя. Были обнаружены мегароны и новые склепы. С 1953 года реконструкция водоочистных сооружений Симферополя привела к разрушению многих объектов на Неаполе. Период с 1954 по 1963 год носил охранный характер, исследовались восточная оборонительная стена и прилегающие постройки. Поиск акрополя оказался безрезультатным.

С 1978 по 1988 год работами руководила О. А. Махнева, исследовавшая зольник № 3, пригородную территорию и участки Восточного некрополя. До 2011 года проводились лишь небольшие раскопки, но в 2011 году по инициативе Крымского республиканского комитета по охране культурного наследия был создан Историко-археологический заповедник «Неаполь Скифский». Начались работы по расчистке и реконструкции Южного дворца и южной оборонительной стены с мавзолеем Скилура.

К концу 2011 года часть территории была подготовлена для экскурсионного обслуживания и стала экспозицией заповедника, включающей южные оборонительные сооружения, мавзолеи Скилура и Аргота, жилые и ритуальные постройки Южного дворца и винодельческий комплекс. В 2018 году в каменной башне над мавзолеем Скилура открыта консольная галерея для временных выставок. В настоящее время там проходит выставка «Terra ARCHAEOLOGICA: Крым 2016, 2018», посвященная итогам трехлетних археологических исследований.