El museo-reserva «Neápolis Escitia» fue fundado en 2011 por iniciativa del consejo de ministros de la República Autónoma de Crimea. La exposición del museo se encuentra en una zona turística acondicionada, donde estaba el Palacio del Sur de Neápolis Escitia, la mayor fortaleza bárbara del norte del Mar Negro del siglo II a. C. y III d. C., mencionada en fuentes epigráficas antiguas.

La creación del museo fue precedida por una larga historia de investigaciones arqueológicas. A principios del siglo XIX, las ruinas de la antigua fortificación en la meseta de Kermenčik se utilizaban activamente para la extracción de piedra de construcción. En 1827, el coleccionista de antigüedades A. I. Sultan-Krym-Girey Kata Girey notó en una carreta que transportaba piedra desde Kermenčik una losa de piedra caliza con la imagen de un jinete y dos pedestales de mármol con inscripciones griegas. Compró estas piedras y se las comunicó al director del Museo de Antigüedades de Odesa, I. P. Blahramberg, quien realizó pequeñas excavaciones. Se encontraron fragmentos de relieves, varias placas de oro y un fragmento de teja con un sello. En 1834, el investigador suizo Frédéric Dubois de Montperré continuó las investigaciones, inspeccionó el asentamiento, elaboró un nuevo plano e investigó varias tumbas y un túmulo en el necrópolis oriental.

En 1853, el arqueólogo ruso conde A. S. Uvarov realizó excavaciones significativas, señalando que Neápolis era originalmente un asentamiento griego fundado por emigrantes de Rodas, pero más tarde se convirtió en residencia y fortaleza de los reyes escitas. En 1926 comenzó la construcción de un reservorio para el suministro de agua a Simferópol, lo que llevó a la destrucción de parte de la muralla defensiva sur. Las excavaciones fueron dirigidas por el arqueólogo N. L. Ernst, quien en 1927 investigó varias tumbas en el necrópolis occidental. Después de la Segunda Guerra Mundial, comenzaron excavaciones a gran escala en la zona de las puertas centrales, incluyendo investigaciones del mausoleo de Skilur y la muralla defensiva sur. Se descubrió una tumba de torre occidental de la nobleza escita, así como edificios con pórticos y graneros.

Desde 1954 hasta 1959, las excavaciones se llevaron a cabo en el área de las puertas centrales y el necrópolis oriental. Se descubrieron megarones y nuevas tumbas. Desde 1953, la reconstrucción de las instalaciones de tratamiento de agua de Simferópol llevó a la destrucción de muchos objetos en Neápolis. El período de 1954 a 1963 fue de carácter de protección, se investigaron la muralla defensiva oriental y los edificios adyacentes. La búsqueda del acrópolis resultó infructuosa.

Desde 1978 hasta 1988, los trabajos fueron dirigidos por O. A. Makhneva, quien investigó el cenizario n.º 3, el área suburbana y secciones del necrópolis oriental. Hasta 2011, solo se realizaron pequeñas excavaciones, pero en 2011, por iniciativa del Comité Republicano de Crimea para la Protección del Patrimonio Cultural, se creó el Museo-arqueológico histórico «Neápolis Escitia». Comenzaron los trabajos de limpieza y reconstrucción del Palacio del Sur y la muralla defensiva sur con el mausoleo de Skilur.

A finales de 2011, parte del territorio fue preparada para el servicio de excursiones y se convirtió en la exposición de la reserva, que incluye las estructuras defensivas del sur, los mausoleos de Skilur y Argot, los edificios residenciales y rituales del Palacio del Sur y el complejo vinícola. En 2018, se abrió una galería de consola para exposiciones temporales en la torre de piedra sobre el mausoleo de Skilur. Actualmente, allí se lleva a cabo la exposición «Terra ARCHAEOLOGICA: Crimea 2016, 2018», dedicada a los resultados de tres años de investigaciones arqueológicas.