Le musée-réserve « Néapolis Scythique » a été fondé en 2011 à l'initiative du conseil des ministres de la République autonome de Crimée. L'exposition du musée est située sur un site touristique aménagé, où se trouvait le Palais Sud de Néapolis Scythique, la plus grande forteresse barbare de la mer Noire du Nord des IIe et IIIe siècles av. J.-C., mentionnée dans des sources épigraphiques antiques.

La création du musée a été précédée par une longue histoire de recherches archéologiques. Au début du XIXe siècle, les ruines de l'ancienne fortification sur le plateau de Kermenčik étaient activement utilisées pour l'extraction de pierre de construction. En 1827, le collectionneur d'antiquités A. I. Sultan-Krym-Girey Kata Girey a remarqué sur une charrette transportant de la pierre de Kermenčik une dalle de calcaire avec l'image d'un cavalier et deux socles en marbre avec des inscriptions grecques. Il a acquis ces pierres et en a informé le directeur du musée des antiquités d'Odessa, I. P. Blaramberg, qui a mené de petites fouilles. Des fragments de reliefs, plusieurs plaques en or et un fragment de tuile avec un sceau ont été trouvés. En 1834, les recherches ont été poursuivies par le voyageur suisse Frédéric Dubois de Montperré, qui a examiné la ville, établi un nouveau plan et exploré plusieurs tombes et tumulus dans le nécropole oriental.

En 1853, l'archéologue russe le comte A. S. Ovarov a mené des fouilles significatives, notant que Néapolis était à l'origine une colonie grecque fondée par des émigrés de Rhodes, mais était devenue plus tard la résidence et la forteresse des rois scythes. En 1926, la construction d'un réservoir pour l'approvisionnement en eau de Simferopol a conduit à la destruction d'une partie du mur de défense sud. Les fouilles étaient dirigées par l'archéologue N. L. Ernst, qui en 1927 a exploré plusieurs tombes dans le nécropole occidental. Après la Seconde Guerre mondiale, d'importantes fouilles ont commencé dans la zone des portes centrales, y compris des recherches sur le mausolée de Skilur et le mur de défense sud. Une sépulture de tour occidentale de la noblesse scythe a été découverte, ainsi que des bâtiments avec des portiques et des greniers.

De 1954 à 1959, des fouilles ont été menées sur le territoire près des portes centrales et du nécropole oriental. Des mégarons et de nouvelles tombes ont été découvertes. Depuis 1953, la reconstruction des installations de purification de l'eau de Simferopol a conduit à la destruction de nombreux objets à Néapolis. La période de 1954 à 1963 a été de nature protectrice, avec des recherches sur le mur de défense oriental et les bâtiments adjacents. La recherche de l'acropole s'est révélée infructueuse.

De 1978 à 1988, les travaux étaient dirigés par O. A. Makhneva, qui a étudié le cendrier n° 3, la zone suburbaines et des sections du nécropole oriental. Jusqu'en 2011, seules de petites fouilles ont été menées, mais en 2011, à l'initiative du comité républicain de Crimée pour la protection du patrimoine culturel, le musée-réserve historique et archéologique « Néapolis Scythique » a été créé. Les travaux de nettoyage et de reconstruction du Palais Sud et du mur de défense sud avec le mausolée de Skilur ont commencé.

À la fin de 2011, une partie du territoire a été préparée pour le service des excursions et est devenue l'exposition de la réserve, comprenant les structures défensives sud, les mausolées de Skilur et d'Argot, les bâtiments résidentiels et rituels du Palais Sud et le complexe viticole. En 2018, une galerie en console pour des expositions temporaires a été ouverte dans la tour en pierre au-dessus du mausolée de Skilur. Actuellement, une exposition intitulée « Terra ARCHAEOLOGICA : Crimée 2016, 2018 » est en cours, consacrée aux résultats de trois années de recherches archéologiques.