История Кунгурского Иоанно-Предтеченского женского монастыря в Пермской губернии берет начало в 1820 году, когда в Ординском селе, в 28 верстах от Кунгура, возникло небольшое сообщество девушек, посвятивших себя духовной жизни. Они читали Псалтирь за упокой и пели в Ординской церкви, обучали девиц грамоте, молитвам и рукоделию. Девушки жили у родственников. В это время старица Мария, одна из основательниц общины, получила благословение от старца Серафима Саровского с наставлением вернуться на родину, где ее ждали.

Сестры обратились к епископу Пермскому Дионисию с просьбой о переселении в Кунгур, и в 1825 году они обосновались в каменном доме при кладбищенской церкви. Их скромность и трудолюбие привлекли внимание местных жителей, и в 1832 году они приобрели участок земли и начали строительство двухэтажного дома. В 1851 году община получила официальное признание, и купец А. Г. Пиликин стал ее попечителем.

В 1850-х годах был построен первый келейный корпус, а в 1857 году освятили место для домовой церкви. В 1860 году появились второй и третий корпуса для училища и приюта. В 1868 году община была переименована в монастырь, а первым священником стал отец Павел Иванович Холмогоров.

В 1870-х годах были построены новые корпуса, а в 1877 году заложен храм в честь святых Пантелеимона и Симеона Верхотурского. К концу XIX века монастырь был благоустроен, но испытывал финансовые трудности. В нем жили игумения, 32 монахини и 83 послушницы.

В начале XX века началось строительство новой монастырской церкви, освященной в 1914 году. К 1907 году в монастыре проживало 350 монахинь и послушниц. В 1920 году монастырь был закрыт, а его здания переданы Окрвоенкомату. В 1930 году на его месте организовали трудовую коммуну для несовершеннолетних преступников, которая позже стала трудовой колонией.

В 2004 году было принято решение о возрождении монастыря, и в 2005 году он был официально зарегистрирован. В 2009 году в монастырь прибыли первые насельницы, а в 2015 году начались работы по восстановлению монастырских построек.