L'histoire du monastère féminin de Jean-Baptiste à Koundour, dans le gouvernement de Perm, commence en 1820, lorsque dans le village d'Orda, à 28 verstes de Koundour, une petite communauté de jeunes filles se consacre à la vie spirituelle. Elles lisaient les Psaumes pour les défunts et chantaient à l'église d'Orda, enseignant aux jeunes filles la lecture, la prière et les travaux manuels. Les filles vivaient chez des parents. À cette époque, la vieille Maria, l'une des fondatrices de la communauté, reçut la bénédiction du vieux Séraphin de Sarov avec l'instruction de retourner dans sa patrie, où elle était attendue.

Les sœurs s'adressèrent à l'évêque de Perm, Dionysius, pour demander à déménager à Koundour, et en 1825, elles s'installèrent dans une maison en pierre près de l'église du cimetière. Leur modestie et leur travail acharné attirèrent l'attention des habitants locaux, et en 1832, elles achetèrent un terrain et commencèrent la construction d'une maison à deux étages. En 1851, la communauté reçut une reconnaissance officielle, et le marchand A. G. Pilikin devint son bienfaiteur.

Dans les années 1850, le premier bâtiment des cellules fut construit, et en 1857, le lieu pour l'église domestique fut consacré. En 1860, les deuxième et troisième bâtiments pour l'école et l'orphelinat furent érigés. En 1868, la communauté fut renommée monastère, et le premier prêtre fut le père Pavel Ivanovich Kholmogorov.

Dans les années 1870, de nouveaux bâtiments furent construits, et en 1877, la fondation d'un temple en l'honneur des saints Panteleimon et Siméon de Verkhoturye fut posée. À la fin du XIXe siècle, le monastère était bien aménagé, mais éprouvait des difficultés financières. Il abritait une abbesse, 32 moniales et 83 postulantes.

Au début du XXe siècle, la construction d'une nouvelle église monastique commença, consacrée en 1914. En 1907, 350 moniales et postulantes vivaient au monastère. En 1920, le monastère fut fermé et ses bâtiments furent transférés au Comité militaire régional. En 1930, un commune de travail pour les jeunes délinquants fut organisée à sa place, qui devint plus tard une colonie de travail.

En 2004, une décision fut prise pour la renaissance du monastère, et en 2005, il fut officiellement enregistré. En 2009, les premières résidentes arrivèrent au monastère, et en 2015, les travaux de restauration des bâtiments monastiques commencèrent.