В феврале 1879 года в Екатеринодаре завершили разборку Воскресенского собора, который был построен в 1802 году из сосновых брусьев. Уже через 30 лет он нуждался в серьёзном ремонте. В 1870-е годы требовались значительные средства для его восстановления, но их не удалось найти. В 1878 году было принято решение разобрать старый храм. Оставшиеся после разборки материалы, такие как сосновые брусья, балки и железные скрепы, использовали для строительства на этом же месте небольшой деревянной Воскресенской церкви, которую называли Крепостной. Она простояла недолго, и в мае 1887 года освятили место для нового каменного храма.

Проект каменной церкви, вероятно, разработал войсковой архитектор Н.Г. Сеняпкин, который и руководил её строительством. При закладке фундамента нашли шесть захоронений, среди которых были могилы Кошевого атамана генерал-майора З.А. Чепеги и войскового атамана генерал-майора Т.Т. Котляревского, которые в конце 18 века привели черноморских казаков на Кубань. Также были найдены могилы полковника А.С. Высочина и войскового протоиерея Р. Порохни. Все они были перезахоронены под трапезной нового храма. 30 июня 1892 года, в день столетия дарования черноморцам земли на Кубани императрицей Екатериной II, каменный Воскресенский храм был освящён.

Ограда храма Воскресения Христова стала местом погребения известных жителей города. Над могилой одного из них, атамана Ф.Я. Бурсака, была установлена металлическая часовня по проекту В.А. Филиппова.

В начале февраля 1920 года в храме отпевали кавалерийского военачальника генерал-майора К.К. Мамонтова, умершего от тифа в Войсковой больнице. Его похороны прошли незаметно, гроб в сопровождении взвода юнкеров был доставлен на линейке по улице Красной в Екатерининский (Красный) собор, где его похоронили под ружейные залпы.

9 октября 1924 года президиум Кубанского окрисполкома постановил закрыть храм. Летом 1930 года его разобрали, а кирпич продали.