Приход, посвященный святителю Иннокентию, митрополиту Московскому, известному миссионеру и просветителю, находится на улице Пограничной, 38.

До 1993 года это здание было обычным жилым домом. После создания Южно-Сахалинской и Курильской епархии в 1993 году администрация Южно-Сахалинска передала его Русской Православной Церкви, и в здании был проведен капитальный ремонт. Первоначально здесь располагалось епархиальное Управление, которое в 1994 году переехало в другое место, а на улице Пограничной был образован самостоятельный приход.

С годами храм стал важным духовным и культурным центром для жителей города. Несколько лет назад в приходе святителя Иннокентия была открыта городская воскресная школа, и многие годы здесь проводится лекторий для всех желающих. Тысячи горожан и гостей областной столицы, преимущественно из районов Сахалинской области, приняли в храме святое крещение.

Каждый четверг в храме проходят молебны перед иконой Божией Матери «Неупиваемая Чаша» для тех, кто страдает алкогольной зависимостью. По вторникам совершаются особые службы для болящих онкологическими заболеваниями перед иконой Божией Матери «Всецарица», которая также является одной из святынь прихода.

В 2004 году, в честь 10-летия прихода, община обратилась к администрации Южно-Сахалинска с просьбой выделить участок земли для строительства нового храма рядом с существующим зданием. В поддержку этого проекта было собрано более 2500 подписей жителей. В следующем году администрация города предоставила участок, и в октябре 2007 года мэр Южно-Сахалинска Андрей Игоревич Лобкин подписал разрешение на строительство нового православного храма.

Новое церковное здание было построено рядом со старым, где планируется разместить Духовно-просветительский Центр, библиотеку и молодежный миссионерский лекторий.

С декабря 2009 года богослужения проводятся в новом храме.