Die Gemeinde, die dem Heiligen Innozenz, dem Metropoliten von Moskau, einem bekannten Missionar und Aufklärer, gewidmet ist, befindet sich in der Pogranichnaya Straße 38.

Bis 1993 war dieses Gebäude ein gewöhnliches Wohnhaus. Nach der Gründung der Diözese Südsachalin und der Kurilen im Jahr 1993 übergab die Verwaltung von Südsachalin das Gebäude an die Russisch-Orthodoxe Kirche, und es wurde eine umfassende Renovierung durchgeführt. Ursprünglich befand sich hier die Diözesanverwaltung, die 1994 an einen anderen Ort umzog, und in der Pogranichnaya Straße wurde eine eigenständige Gemeinde gegründet.

Im Laufe der Jahre wurde der Tempel zu einem wichtigen spirituellen und kulturellen Zentrum für die Stadtbewohner. Vor einigen Jahren wurde in der Gemeinde des Heiligen Innozenz eine städtische Sonntagsschule eröffnet, und seit vielen Jahren findet hier ein Vortragszyklus für alle Interessierten statt. Tausende von Stadtbewohnern und Gästen der Hauptstadt der Region, überwiegend aus den Gebieten der Region Sachalin, haben in der Kirche die heilige Taufe empfangen.

Jeden Donnerstag finden im Tempel Gebete vor dem Ikone der Gottesmutter „Unvergänglicher Kelch“ für diejenigen statt, die an Alkoholabhängigkeit leiden. Dienstags werden besondere Gottesdienste für Krebskranke vor der Ikone der Gottesmutter „Allherrscherin“ gefeiert, die ebenfalls eine der Reliquien der Gemeinde ist.

Im Jahr 2004, anlässlich des 10-jährigen Bestehens der Gemeinde, wandte sich die Gemeinde an die Verwaltung von Südsachalin mit der Bitte um ein Grundstück für den Bau einer neuen Kirche neben dem bestehenden Gebäude. Zur Unterstützung dieses Projekts wurden über 2500 Unterschriften von Bewohnern gesammelt. Im folgenden Jahr stellte die Stadtverwaltung das Grundstück zur Verfügung, und im Oktober 2007 unterzeichnete der Bürgermeister von Südsachalin, Andrei Igorewitsch Lobkin, die Genehmigung für den Bau einer neuen orthodoxen Kirche.

Das neue Kirchengebäude wurde neben dem alten errichtet, wo ein spirituell-aufklärerisches Zentrum, eine Bibliothek und ein Jugendmissionarischer Vortragsraum geplant sind.

Seit Dezember 2009 finden die Gottesdienste in der neuen Kirche statt.