Храм во имя святых Космы и Дамиана в Шебекино был возведен в начале 2000-х годов на месте разрушенного храма, который существовал во второй половине XVIII века.

История Логовского прихода насчитывает несколько столетий. Первый деревянный храм был построен в 1764 году и просуществовал 116 лет.

В 1880 году, когда деревянный храм пришел в негодность, его разобрали и на том же месте возвели новый каменный храм. Он имел один купол и колокольню, а вокруг располагалось сельское кладбище.

С приходом Советской власти храм был разорен, а в 1936 году взорван. Из оставшегося кирпича построили четыре жилых дома в поселке Логовского мелкомбината. Кладбище позже снесли, а на месте разрушенного храма построили школу. В 1943 году приходская община была восстановлена. На средства прихожан приобрели жилой дом, который переоборудовали под храм.

14 октября 1990 года настоятель храма, протоиерей Иоанн Тимофеев, заложил новый храм. Освящение новопостроенного храма провел архиепископ Белгородский и Старооскольский Иоанн 26 августа 2006 года.