Храм святого пророка Иоанна Предтечи в Калуге был возведен в 1735 году на месте прежнего деревянного строения. В 1754 году он сильно пострадал от пожара, который уничтожил значительную часть города. В результате огонь практически полностью уничтожил внутреннее убранство и иконы храма, за исключением образа Иоанна Крестителя.

Восстановление храма завершилось в 1763 году благодаря усилиям священника Никиты Егоровича Попова и прихожан, которые собрали необходимые средства. Тогда же были добавлены два придела: один в честь Сергия Радонежского, другой, в честь мучеников Гурия, Самона и Авива. Для внутренней отделки использовался искусственный мрамор различных цветов.

В конце XIX века в храме провели ремонт, в ходе которого стены были заново расписаны, а полы покрыты паркетом. Росписи основывались на копиях изображений из храма Христа Спасителя в Москве и Владимирского собора в Киеве. Семиярусный иконостас был обновлен на новом полотне, но на старых досках, по эскизам художников Васнецова, Нестерова, Маковского и Сорокина. Особым почитанием пользовались древняя икона Иоанна Предтечи и икона мучеников Гурия, Самона и Авива.

Снаружи храм выглядит величественно и богато украшен. Основная часть здания имеет четырехугольную форму с множеством окон. На углах верхней части расположены четыре маленькие главы, переходящие в ротондообразный верх с круглым куполом, усеянным звездами на голубом фоне. Трехъярусная колокольня в готическом стиле была построена в 1784 году. На углах первых двух ярусов установлены по три колонны, во втором ярусе соединенные стрелкой. Верхний ярус был изменен во время ремонта в 1890-х годах.

В 1929 году храм был закрыт, хотя некоторые источники указывают на 1934 год, так как община не могла провести капитальный ремонт. В середине 1950-х годов был разобран алтарь, выходящий на Московскую улицу, так как он мешал движению автотранспорта. С 1960 года храм признан памятником архитектуры и градостроительства республиканского значения.

До 1995 года в здании храма располагался колледж культуры. 7 августа 1995 года храм был передан Калужской епархии Русской Православной Церкви. 15 августа 1997 года между Дирекцией по охране памятников и Калужской епархией был заключен договор о сохранности и использовании памятника.

В настоящее время храм полностью восстановлен снаружи, завершаются работы по внутреннему убранству и росписи стен. 29 января 2007 года Правительство Российской Федерации передало храм в собственность Калужской епархии Русской Православной Церкви.