Сегодня Иоанно-Мариинская женская обитель находится на своем историческом месте, занимая треть территории психиатрической клиники. Восстановление монастыря, разрушенного в советские годы, началось в 2004 году, когда на прежнем месте была создана небольшая монашеская община под руководством настоятельницы монахини Иоанны (Лихомановой). Уже в первый год своего существования обитель доказала свою жизнеспособность: сестры организовали воскресную школу для детей и оказывали помощь филиалу больницы.

Возрождение монастыря началось буквально с руин. 17 февраля 2006 года одно из многочисленных зданий, когда-то принадлежавших святой обители, было официально передано из ведения психиатрической больницы в ведение Ставропольской епархии. Эта небольшая келейная постройка стала началом новой эпохи в жизни монастыря на территории Града Креста. К сожалению, четыре из пяти монастырских храмов были полностью снесены, а пятый значительно перестроен и до сих пор не передан законному владельцу. Полуразрушенное двухэтажное здание, находившееся в запустении десятилетиями, было постепенно восстановлено по благословению владыки Феофана, а затем его преемника, митрополита Кирилла.

В 2011 году в восстановленном сестринском корпусе обители был открыт храм, где протоиерей Василий Стрюков регулярно проводит богослужения и все необходимые требы. Духовная жизнь монастыря, как и в прежние времена, очень насыщенна: матушка настоятельница, монахини, инокини и послушницы с честью выполняют свои молитвенные и трудовые обязанности, помогают в строительстве нового корпуса, занимаются духовным воспитанием детей воскресной школы, выращивают коз и птицу, возделывают садово-огородные участки, собирают урожай и делятся им с нуждающимися.

Монастырь всегда открыт для паломников, которых сестры охотно приглашают к молитве и угощают вкусной монастырской трапезой, доступной также в любой из православных праздников. Обитель активно сотрудничает со Спасо-Преображенским реабилитационным центром: бездомные, а также алко- и наркозависимые, приходя в монастырь за пищей, получают здесь духовную поддержку, узнают о реабилитационном центре и отправляются туда с надеждой на исцеление и возвращение к полноценной жизни в обществе.