Храм в честь святого Иоанна Кронштадтского был возведен за чуть более чем год благодаря инициативе и щедрости петербуржца Евгения Васильевича Томака, владельца ОАО «Брянский камвольный комбинат». Строительство поддержала Брянская епархия, получив благословение от епископа Брянского и Севского Феофилакта. Закладка камня состоялась в августе 2007 года, а освящение храма прошло 2 ноября 2008 года, в год столетия со дня смерти святого Иоанна Кронштадтского.

Архитектурный облик храма, за исключением более высокой колокольни, повторяет каменную церковь Козьмы и Дамиана в селе Барышье, построенную в 1829-1834 годах на средства полковника Михаила Петровича Бахтина, известного своей благотворительностью. За это Николай I наградил его генеральским чином и орденом Святого Владимира 2-й степени. К сожалению, храм Козьмы и Дамиана ныне в разрушенном состоянии.

Хотя святой Иоанн никогда не бывал в Брянске, посвящение храма ему было выбрано владыкой Феофилактом, что подчеркивает духовную значимость этого события. В 80-е годы XX века, когда говорить об Иоанне Кронштадтском было запрещено, прежний епископ Брянский и Севский Мелхиседек составил акафист святому, который читал келейно. После канонизации Иоанна Кронштадтского в 1990 году, этот акафист был благословлён Патриархом Алексием II и стал читаться по всей России. Таким образом, Брянск стал родиной этого акафиста.

Протоиерей Геннадий Беловолов, настоятель Леушинского подворья в Санкт-Петербурге и директор Мемориального музея-квартиры Иоанна Кронштадтского, подарил храму икону святого, освящённую в музее-квартире. Она является точным списком с чудотворного образа из Свято-Иоанновского монастыря на Карповке, где покоится святой. На иконе закреплён ковчежец с частичкой епитрахили Иоанна Кронштадтского. Вместе с ней храму были подарены ещё две иконы: Образ пресвятой Богородицы Леушинской «Азъ есмь съ вами и никтоже на вы» и образ Тихвинской Божьей матери, которые были особенно почитаемы Иоанном Кронштадтским.