Die Kirche zu Ehren des heiligen Johannes von Kronstadt wurde in etwas mehr als einem Jahr dank der Initiative und Großzügigkeit des Petersburger Eugen Wasiljewitsch Tomak, Eigentümer der OAO "Brjansk Wollfabrik", errichtet. Der Bau wurde von der Brjansk Diözese unterstützt, die den Segen des Bischofs von Brjansk und Sewsk, Theophilakt, erhielt. Der Grundstein wurde im August 2007 gelegt, und die Weihe der Kirche fand am 2. November 2008, im Jahr des hundertsten Jahrestages des Todes des heiligen Johannes von Kronstadt, statt.

Das architektonische Erscheinungsbild der Kirche, mit Ausnahme des höheren Glockenturms, ähnelt der Steinkirche von Kosmas und Damian im Dorf Baryschje, die in den Jahren 1829-1834 mit Mitteln des Colonel Michail Petrowitsch Bachthin, bekannt für seine Wohltätigkeit, erbaut wurde. Dafür wurde er von Nikolaus I. mit dem Rang eines Generals und dem Orden des heiligen Wladimir 2. Klasse ausgezeichnet. Leider befindet sich die Kirche von Kosmas und Damian heute in einem zerstörten Zustand.

Obwohl der heilige Johannes niemals in Brjansk war, wurde die Widmung der Kirche ihm von Bischof Theophilakt gewählt, was die spirituelle Bedeutung dieses Ereignisses unterstreicht. In den 80er Jahren des 20. Jahrhunderts, als es verboten war, über Johannes von Kronstadt zu sprechen, verfasste der frühere Bischof von Brjansk und Sewsk Melchisedek einen Akathistos für den Heiligen, den er privat las. Nach der Heiligsprechung von Johannes von Kronstadt im Jahr 1990 wurde dieser Akathistos von Patriarch Alexius II. gesegnet und in ganz Russland gelesen. So wurde Brjansk zur Heimat dieses Akathistos.

Der Protopresbyter Gennadij Belovolov, der Leiter des Leushin-Klosters in St. Petersburg und Direktor des Memorialmuseums von Johannes von Kronstadt, schenkte der Kirche ein Ikone des Heiligen, die im Museum geweiht wurde. Sie ist eine genaue Kopie des wundertätigen Bildes aus dem Heiligen Johannes Kloster an der Karpowka, wo der Heilige ruht. An der Ikone ist ein Kästchen mit einem Teil der Epitrachelion von Johannes von Kronstadt befestigt. Zusammen mit ihr wurden der Kirche noch zwei weitere Ikonen geschenkt: das Bild der heiligen Gottesmutter von Leushin "Ich bin mit euch und niemand ist gegen euch" und das Bild der Tichvin-Mutter Gottes, die von Johannes von Kronstadt besonders verehrt wurden.