Церковь, посвященная святому апостолу и евангелисту Иоанну Богослову, является одним из последних образцов деревянного зодчества в Курской области. Она находится в 16 км к северу от города Суджи, в административном центре села на ровной местности.

Исторические документы свидетельствуют, что на рубеже XVII-XVIII веков село Малая Локня уже было сложившимся поселением. Это позволяет предположить, что оно было основано как сторожевое поселение служилых людей, казаков, целой сотни. В последней четверти XVIII века в Малой Локне уже существовал деревянный храм во имя Богослова.

К середине XIX века старая церковь обветшала, и было решено построить новый храм. Сохранившееся до наших дней деревянное здание Богословской церкви было возведено в 1857 году на средства помещиц Александры Павловны Давыдовой и Анны Васильевны Дуровой, которые похоронены на местном кладбище.

Сведения из клировых ведомостей 1916 года описывают храм как деревянное здание на каменном фундаменте с колокольней, покрытое железом. В церкви был один престол во имя святого Иоанна Богослова. Земельные владения церкви включали усадебную землю и пахотные угодья. Дома для священнослужителей находились на церковной земле, но состояние их было различным: дом для священника требовал ремонта, а дом для диакона был в удовлетворительном состоянии.

Приход церкви охватывал множество окрестных поселений, включая Малую Локню, деревни Кругленькое, Погребки, Старую и Новую Сорочину, хутора Никольский и Найдин, деревни Николаевку, Новоивановку, Лёвшинку и село Старое Гатище. После утраты деревянного храма Пророка Даниила в XIX веке в приход вошла и деревня Викторовка.

В приходе действовали четыре земские школы: в Малой Локне (основана в 1875 году), в деревне Кругленькой (1902 год), в хуторе Никольском (1912 год) и в деревне Новой Сорочине (1915 год).

В 1933 году церковь была закрыта, а здание переоборудовано под клуб. Были сняты ярусы колокольни, купол и восьмерик, и установлена двускатная крыша.

Во время Великой Отечественной войны, в период оккупации, церковь вновь открылась для богослужений 15 июля 1942 года. Церковный совет был зарегистрирован 31 августа 1944 года. Однако 27 сентября 1950 года по постановлению Облисполкома община верующих была закрыта, а здание снова передано под клуб колхоза «Восток».

В 1990-е годы здание церкви в Малой Локне опустело, но весной 2012 года в храме возобновились богослужения.