La iglesia, dedicada al apóstol y evangelista San Juan, es uno de los últimos ejemplos de arquitectura de madera en la región de Kursk. Se encuentra a 16 km al norte de la ciudad de Suji, en el centro administrativo del pueblo en una zona llana.

Los documentos históricos indican que a finales de los siglos XVII y XVIII, el pueblo de Mala Loknia ya era un asentamiento consolidado. Esto sugiere que fue fundado como un asentamiento de vigilancia para personas al servicio, cosacos, toda una centuria. En el último cuarto del siglo XVIII, ya existía en Mala Loknia un templo de madera en honor al Evangelista.

A mediados del siglo XIX, la antigua iglesia se había deteriorado, y se decidió construir un nuevo templo. El edificio de madera de la iglesia del Evangelista que ha llegado hasta nuestros días fue erigido en 1857 con fondos de las terratenientes Aleksandra Pavlovna Davydova y Anna Vasilyevna Durova, quienes están enterradas en el cementerio local.

Los datos de los registros eclesiásticos de 1916 describen el templo como un edificio de madera sobre una base de piedra con un campanario, cubierto de hierro. En la iglesia había un altar en honor al santo Juan Evangelista. Las propiedades de la iglesia incluían tierras de mansión y tierras cultivables. Las casas para los clérigos estaban en terrenos de la iglesia, pero su estado era variado: la casa del sacerdote necesitaba reparaciones, mientras que la casa del diácono estaba en estado satisfactorio.

La parroquia de la iglesia abarcaba numerosos asentamientos cercanos, incluyendo Mala Loknia, las aldeas de Kruglénkoe, Pogrebki, Stará y Nová Sorochina, los asentamientos de Nikolsky y Naidin, las aldeas de Nikolaevka, Novoivanovka, Lyovshinka y el pueblo de Stará Gatišča. Tras la pérdida de la iglesia de madera del Profeta Daniel en el siglo XIX, la parroquia también incluyó la aldea de Viktorovka.

En la parroquia funcionaban cuatro escuelas rurales: en Mala Loknia (fundada en 1875), en la aldea de Kruglénkoe (año 1902), en el asentamiento de Nikolsky (año 1912) y en la aldea de Nová Sorochina (año 1915).

En 1933, la iglesia fue cerrada y el edificio se convirtió en un club. Se retiraron los niveles del campanario, la cúpula y el octógono, y se instaló un techo a dos aguas.

Durante la Gran Guerra Patria, en el período de ocupación, la iglesia volvió a abrir para servicios el 15 de julio de 1942. El consejo de la iglesia fue registrado el 31 de agosto de 1944. Sin embargo, el 27 de septiembre de 1950, por decreto del Comité Ejecutivo Regional, la comunidad de creyentes fue cerrada y el edificio nuevamente se destinó a un club del koljós "Vostok".

En la década de 1990, el edificio de la iglesia en Mala Loknia quedó deshabitado, pero en la primavera de 2012 se reanudaron los servicios en el templo.