История Усть-Ишимского Свято-Никольского храма полна удивительных событий. Много веков назад территория от реки Крушинки до Иртыша и от реки Ишим до здания администрации Усть-Ишимского района была древним городищем, где и возник Усть-Ишим. Первые жители, татары, обратились к Тобольскому генерал-губернатору с просьбой о защите от кочевников. В ответ был прислан отряд казаков, которые служили по году, но со временем они осели здесь, обзавелись семьями и стали частью местного населения.

Первая деревянная церковь была возведена в старом городище недалеко от Иртыша, но в 1866 году она сгорела. Через два года встал вопрос о строительстве новой церкви. В то время наличие церкви повышало статус населенного пункта до села, где могло быть административное управление. Вопрос стоял о восстановлении церкви в Усть-Ишиме или реставрации в Слободчиках, где уже была церковь Архангела Михаила. Усть-Ишимцы настаивали на строительстве у них, но власти склонялись к Слободчикам.

Однако случилось чудо: две женщины нашли икону Николая Чудотворца на месте пожара. Эта икона, привезенная казаками, не сгорела, что было воспринято как знак. В результате было решено строить храм в Усть-Ишиме. На месте церкви установлен памятник основателям города, использовавший мраморную плиту, ранее служившую надгробием.

Храм, построенный в 1906 году, был самым высоким в епархии Тюменской области, с высотой 35 метров. Он был украшен росписями и имел уникальную архитектуру. В советские годы росписи скрыли под штукатуркой. Старожилы вспоминают, что первая деревянная церковь сгорела, и в 1848 году построили новую на каменном фундаменте, но она тоже пострадала от пожара. В 1904 году началось строительство каменного храма, завершившееся в 1906 году.

Сегодня на территории церкви стоит деревянная колокольня, построенная к 100-летию храма в 2004 году. Старожилы вспоминают, как в детстве они приносили кирпичи для строительства. В храме было четыре печи, чьи дымоходы проходили в стенах, создавая особую атмосферу.

В годы Гражданской войны и позже церковь пережила гонения. В 1932 году священник провел тайное венчание, за что был арестован. Храм закрыли и передали в машинно-тракторную станцию, а позже использовали как склад. В 50-х годах здесь пытались устроить кинотеатр, но акустика не позволяла, и в 1956 году верхнюю часть храма снесли.

В 1990 году богослужения возобновились после освящения храма малым освящением, но полностью он так и не был восстановлен.