La historia de la iglesia de San Nicolás de Ust-Ishim está llena de eventos sorprendentes. Hace muchos siglos, el territorio desde el río Krushinka hasta el Irtysh y desde el río Ishim hasta el edificio de la administración del distrito de Ust-Ishim era un antiguo asentamiento, donde surgió Ust-Ishim. Los primeros habitantes, los tártaros, se dirigieron al gobernador general de Tobolsk pidiendo protección contra los nómadas. En respuesta, se envió un destacamento de cosacos, que sirvieron durante un año, pero con el tiempo se establecieron aquí, formaron familias y se convirtieron en parte de la población local.

La primera iglesia de madera fue construida en el antiguo asentamiento cerca del Irtysh, pero en 1866 se quemó. Dos años después, surgió la cuestión de construir una nueva iglesia. En ese momento, la existencia de una iglesia elevaba el estatus del asentamiento a aldea, donde podía haber una administración. La cuestión era restaurar la iglesia en Ust-Ishim o restaurarla en Slobodchiki, donde ya había una iglesia de San Miguel Arcángel. Los habitantes de Ust-Ishim insistieron en construirla allí, pero las autoridades se inclinaban hacia Slobodchiki.

Sin embargo, ocurrió un milagro: dos mujeres encontraron un ícono de San Nicolás en el lugar del incendio. Este ícono, traído por los cosacos, no se quemó, lo que fue interpretado como una señal. Como resultado, se decidió construir la iglesia en Ust-Ishim. En el lugar de la iglesia se erigió un monumento a los fundadores de la ciudad, utilizando una losa de mármol que anteriormente había servido como tumba.

La iglesia, construida en 1906, era la más alta de la diócesis de la región de Tyumen, con una altura de 35 metros. Estaba decorada con frescos y tenía una arquitectura única. En los años soviéticos, los frescos fueron ocultados bajo yeso. Los ancianos recuerdan que la primera iglesia de madera se quemó, y en 1848 se construyó una nueva sobre una base de piedra, pero también sufrió un incendio. En 1904 comenzó la construcción de la iglesia de piedra, que se completó en 1906.

Hoy en día, en el territorio de la iglesia se encuentra un campanario de madera, construido para el centenario de la iglesia en 2004. Los ancianos recuerdan cómo, de niños, llevaban ladrillos para la construcción. En la iglesia había cuatro hornos, cuyos conductos pasaban por las paredes, creando una atmósfera especial.

Durante los años de la Guerra Civil y después, la iglesia sufrió persecuciones. En 1932, un sacerdote realizó una boda en secreto, por lo que fue arrestado. La iglesia fue cerrada y transferida a una estación de maquinaria y tractores, y más tarde se utilizó como almacén. En los años 50, se intentó establecer un cine aquí, pero la acústica no lo permitía, y en 1956 se demolió la parte superior de la iglesia.

En 1990, los servicios religiosos se reanudaron después de la consagración de la iglesia con una pequeña ceremonia, pero no se restauró completamente.