В 1780 году на месте деревянного приходского храма в селе Духово был возведен кирпичный Крестовоздвиженский храм с приделом в честь Святителя Николая. К 1821 году этот храм, поддерживаемый крестьянами села, сильно обветшал. Было решено его разобрать, а прихожан присоединить к храму Дмитрия Солунского в селе Ямская Слобода. В том же году на освободившемся месте, благодаря усилиям игумена Августина, построили каменный храм в честь Святителя Николая, а в 1829 году в нем появился придел в честь Воздвижения Креста Господня.

На территории монастыря к тому времени возвели три церкви, богато украшенные: Троицкий собор, церковь Святителя Николая-чудотворца и церковь Нерукотворного образа Христа Спасителя. Такое разнообразие и богатство убранства не могли быть обеспечены только за счет небольших доходов монастыря в XVIII и XIX веках. Роскошное убранство обители стало возможным благодаря щедрым пожертвованиям от знатных и влиятельных родов России, таких как князья Голицыны, Долгорукие, Хилковы, Шуйские, Васильчиковы, Воротынские, а также бояре Бордуковы, Саймоновы, Орлинские, Тимирязевы, Казаковы и другие.

Особое почитание получил чудотворный образ Святителя Николая Мирликийского Чудотворца («Николы Доброго») в Никольском храме. С 70-х годов XVIII века эта икона участвовала в крестных ходах, включая самый продолжительный, который начинался на Троицын день и завершался сентябрьскими праздниками. В это время жители села всех возрастов приходили в монастырь в праздничных нарядах и несли икону пешком на расстояние до 40-50 верст.

Сегодня от Никольского храма частично сохранились только стены.