Im Jahr 1780 wurde anstelle der hölzernen Pfarrkirche im Dorf Dukhovo die Backsteinkirche zur Kreuzerhöhung mit einer Kapelle zu Ehren des Heiligen Nikolaus errichtet. Bis 1821 war diese Kirche, unterstützt von den Bauern des Dorfes, stark verfallen. Es wurde beschlossen, sie abzureißen und die Gemeindemitglieder der Kirche des Heiligen Demetrius in dem Dorf Yamskaya Sloboda anzuschließen. Im selben Jahr wurde an dem freigewordenen Platz, dank der Bemühungen des Abtes Augustin, eine steinerne Kirche zu Ehren des Heiligen Nikolaus erbaut, und 1829 erhielt sie eine Kapelle zu Ehren der Kreuzerhöhung des Herrn.

Zu diesem Zeitpunkt waren auf dem Gelände des Klosters drei reich geschmückte Kirchen errichtet worden: die Dreifaltigkeitskathedrale, die Kirche des Heiligen Nikolaus des Wundertäters und die Kirche des nicht von Händen gemachten Bildes Christi des Erlösers. Diese Vielfalt und der Reichtum der Ausstattung konnten nicht nur durch die geringen Einnahmen des Klosters im 18. und 19. Jahrhundert gewährleistet werden. Der prächtige Schmuck des Klosters wurde durch großzügige Spenden von adligen und einflussreichen Familien Russlands, wie den Fürsten Golizyn, Dolgorukov, Hilkov, Shuisky, Vasilchikov, Vorotynsky sowie den Boyaren Bordukov, Simonov, Orlinsky, Timiryazev, Kazakov und anderen, möglich.

Ein besonderes Verehrung erhielt das wundertätige Bild des Heiligen Nikolaus von Myra, des Wundertäters („Nikolaus des Guten“), in der Nikolauskirche. Seit den 70er Jahren des 18. Jahrhunderts nahm dieses Ikone an Prozessionen teil, einschließlich der längsten, die am Dreifaltigkeitstag begann und mit den Septemberfesten endete. Zu dieser Zeit kamen die Dorfbewohner jeden Alters in festlicher Kleidung ins Kloster und trugen das Ikone zu Fuß über Entfernungen von bis zu 40-50 Werst.

Heute sind von der Nikolauskirche nur noch teilweise die Wände erhalten.