Храм святителя Николая в Шебекино был построен в период с 2007 по 2014 год на месте церкви начала XVIII века, разрушенной после революции.

На окраине Шебекино находилось старинное село Устинка, где располагалась монашеская обитель, Коренская Николаевская мужская пустынь. Она получила своё название в честь святого Николая Чудотворца и речки Корень. Изначально это было место уединения для двух отшельников, Ионы и Пимена, в Коренном лесу. Многие, приходившие за советом, оставались здесь, и так возникла пустынь.

Главным духовным сокровищем была чудотворная икона Святителя Николая Ратного. Чудо от этой иконы произошло 18 мая в XVI-XVII веках (точный год неизвестен). Жители Устинки и монахи пустыни устрашили татар из Дикого поля: «Священство и монахи, стоя на правом берегу реки, кричали татарам: «Воротитесь; силою Креста Господня святитель Николай потопит вас в сей реке». Из-за тесноты некоторые татары упали в реку, и орда, испугавшись, отступила». Икона была очень почитаема, и 5 июля 1765 года Белгородская духовная консистория постановила: «Вследствие бедности обители «Белгородского уезда Коренную Ратного Николая Чудотворца пустынь упразднить, а чудотворный образ перенести в Белгородскую соборную Троицкую церковь, а оставшуюся церковь Николая Чудотворца сделать приходской…».

Однако до революции ежегодно 18 мая икона возвращалась в Устинку крестным ходом и оставалась там до 24 мая, после чего её возвращали в Белгород к началу поздней литургии в монастырском соборе.

В 1808 году в Устинке была построена новая каменная церковь, но после революции 1917 года храм разрушили, и на его месте появилась школа.

Строительство нового храма началось 7 июня 2007 года, а освящён он был митрополитом Белгородским и Старооскольским Иоанном 26 июля 2014 года. В 1995 году, когда икона Николы Ратного была вновь обретена, возобновились крестные ходы на реку. Теперь крестный ход проходит от Белгорода до Никольского храма в Устинке, а затем к источнику на реке.