История прихода начинается с момента, когда часть помещений аварийного детского сада была передана православной общине Северодвинска. В середине 1990-х годов, когда молельная комната уже не могла вместить всех прихожан, здание полностью передали Церкви.

Епископ Архангельский и Мурманский Пантелеимон освятил храм в честь святителя Николая, что подчеркнуло духовную преемственность Свято-Никольского храма с закрытым Николо-Корельским монастырем, который был важным центром православия в регионе.

При первом настоятеле, отце Аркадии Кононове, здание обрело облик православного храма. Трудники убрали несколько перегородок, чтобы освободить пространство, вскоре был пристроен алтарь, а храм увенчали куполами с крестами.

После освящения в храме неоднократно проводились ремонтные работы. Последний ремонт включал установку расписного иконостаса, обновление церковной утвари, замену сантехники, полное обновление трапезной с пристройкой балкона. Снаружи храм также был украшен: стены облицевали сайдингом, покрасили крышу и купола, заменили старый забор и вымостили дорогу для крестного хода вокруг храма.

Приход оказывает поддержку Архангельскому областному специализированному учреждению «Северодвинский социально-реабилитационный центр для несовершеннолетних «Солнышко». В дневном отделении центра проходят еженедельные беседы «Православный букварь», а дети из стационарного отделения посещают храм для воцерквления.

При Никольском приходе работает детская воскресная школа, а также ведется активная социальная и миссионерская деятельность.

К храму приписана часовня, расположенная в сквере за зданием мэрии, освященная в 2006 году в честь святого благоверного князя Александра Невского.