La historia de la parroquia comienza en el momento en que parte de las instalaciones de un jardín de infancia en mal estado fue entregada a la comunidad ortodoxa de Severodvinsk. A mediados de la década de 1990, cuando la sala de oración ya no podía albergar a todos los feligreses, el edificio fue completamente entregado a la Iglesia.

El obispo de Arkhangelsk y Murmansk, Panteleimon, consagró la iglesia en honor al santo Nicolás, lo que subrayó la continuidad espiritual de la iglesia de San Nicolás con el cerrado monasterio de Nikolo-Korelsky, que fue un importante centro de ortodoxia en la región.

Bajo el primer párroco, el padre Arkadi Kónonov, el edificio adquirió la forma de una iglesia ortodoxa. Los trabajadores eliminaron varias particiones para liberar espacio, pronto se añadió un altar, y la iglesia fue coronada con cúpulas y cruces.

Después de la consagración, se realizaron repetidas obras de reparación en la iglesia. La última reparación incluyó la instalación de un iconostasio pintado, la renovación de los utensilios de la iglesia, el reemplazo de la fontanería, y una renovación completa del comedor con la adición de un balcón. Por fuera, la iglesia también fue embellecida: las paredes fueron revestidas con siding, se pintó el techo y las cúpulas, se reemplazó la vieja cerca y se pavimentó el camino para la procesión alrededor de la iglesia.

La parroquia apoya al Centro de Rehabilitación Social Especializado de Severodvinsk para menores "Solyushko". En el departamento diurno del centro se llevan a cabo conversaciones semanales "El abecedario ortodoxo", y los niños del departamento residencial visitan la iglesia para su incorporación a la fe.

La parroquia de San Nicolás cuenta con una escuela dominical para niños, y también se lleva a cabo una activa labor social y misionera.

A la iglesia se le asigna una capilla, ubicada en el parque detrás del edificio del ayuntamiento, consagrada en 2006 en honor al santo príncipe Alexander Nevsky.