Каменный храм в селе Панино был построен благодаря графине Клейнмихель, к которой обратились крепостные крестьяне. Церковь святителя Митрофана Воронежского в селе Панино была возведена в 1855 году. В стене храма сохранился кирпич с выбитым на нем 1827 годом и фамилией Клейнмихель. Священник Стефан Нестеров, который до Великой Отечественной войны служил полковником в царской армии, оставил о себе добрую память. Под его руководством и при его активном участии работала церковно-приходская школа. В 1927 году власти изъяли у церкви дом и земли, но священник остался в селе, поселился с семьей на квартире и продолжал проводить богослужения.

В 1938 году колхоз «Большевик» приобрел церковь у государства и использовал ее для хранения зерна. Во время немецкой оккупации церковь была открыта, но в 1948 году по решению общего собрания селян ее снова закрыли и использовали как склад.

В августе 1990 года Митрофановский храм был вновь открыт. Весной 1991 года в храме возобновились богослужения. Самодельный иконостас заменили на новый, пожертвованный Пантелеимоновской церковью города Курска, который ранее находился в Сергиево-Казанском соборе на первом этаже.