В конце XIX века планировалось пристроить каменное здание к скитскому храму в честь Собора Иоанна Предтечи. Однако Калужская духовная консистория не утвердила проект, так как такие пристройки не соответствовали строительным нормам. Тогда решили построить новый каменный храм. Инициатором строительства стал благотворитель скита, екатеринбургский купец Михаил Иванович Иванов, который позже принял рясофор.

Строительством руководил рясофорный монах Виктор Вейденгаммер. В скитской братии возникли разногласия по поводу необходимости возведения двухэтажного храма, который не совсем гармонировал с архитектурой скита. Чтобы разрешить сомнения, в феврале 1901 года рясофорный монах Иоанн, келейник старца Иосифа, отправился в Кронштадт за благословением у почитаемого о. Иоанна Кронштадтского.

Святой праведный Иоанн Кронштадтский благословил строительство и обещал посетить скит осенью, но визит не состоялся. Затем епископ Макарий, глава Калужской и Боровской епархии, также благословил строительство. В марте 1901 года начались подготовительные работы, а в апреле иеромонах Нектарий освятил и заложил храм. Строительство шло быстро, и через год основные работы были завершены.

Храм имеет два этажа. Верхний был освящен 26 октября 1902 года епископом Вениамином в честь святителя Льва Катанского и преподобного Иоанна Рыльского. В нижнем полуподвальном помещении устроен храм в честь Собора архангела Михаила, где планировалась братская усыпальница, но она так и не была создана. Этот храм освятил 10 ноября 1902 года настоятель Оптиной Пустыни игумен Ксенофонт.

Выбор святых для освящения храма не случаен. Святитель Лев Катанский был покровителем первого Оптинского старца Льва, а преподобный Иоанн Рыльский, тезоименит святому праведному Иоанну Кронштадтскому, благословившему строительство. Нижний храм освящен в честь архангела Михаила в память о храмоздателе Михаиле Иванове. В 1907 году нижний храм был упразднен из-за сырости, иконостас перенесли в монастырь. Позже провели работы по осушению, но храм не возобновили. Верхний храм использовался летом.

После революции храм был закрыт. В 1918 году в нем еще проводились богослужения, но затем здание использовалось светскими учреждениями, в последние годы, сельскохозяйственным училищем. В 1988 году, после возобновления монастыря, скит и храм были возвращены Церкви. Сейчас в здании храма размещена мужская паломническая гостиница, ведутся восстановительные работы, которые завершатся освящением храма.

17 января 2012 года состоялось малое освящение нижнего храма в честь Собора архангела Михаила.