A finales del siglo XIX se planeó añadir un edificio de piedra a la iglesia del skit en honor al Concilio de San Juan Bautista. Sin embargo, la consistorio espiritual de Kaluga no aprobó el proyecto, ya que tales adiciones no cumplían con las normas de construcción. Entonces se decidió construir una nueva iglesia de piedra. El iniciador de la construcción fue el benefactor del skit, el comerciante de Ekaterimburgo Mijaíl Ivánovich Ivánov, quien más tarde tomó el hábito monástico.

La construcción fue dirigida por el monje con hábito Víctor Veidenhammer. Surgieron desacuerdos en la comunidad del skit sobre la necesidad de erigir una iglesia de dos pisos, que no armonizaba del todo con la arquitectura del skit. Para resolver las dudas, en febrero de 1901, el monje con hábito Juan, asistente del anciano José, viajó a Kronstadt para obtener la bendición del venerado padre Juan de Kronstadt.

El santo justo Juan de Kronstadt bendijo la construcción y prometió visitar el skit en otoño, pero la visita no se llevó a cabo. Luego, el obispo Macario, jefe de la diócesis de Kaluga y Borovsk, también bendijo la construcción. En marzo de 1901 comenzaron los trabajos preparatorios, y en abril el hieromonje Nectario consagró y colocó la primera piedra de la iglesia. La construcción avanzó rápidamente, y un año después se completaron los trabajos principales.

La iglesia tiene dos pisos. El superior fue consagrado el 26 de octubre de 1902 por el obispo Benjamín en honor al santo León de Catán y al venerable Juan de Rila. En el semisótano inferior se estableció una iglesia en honor al Concilio del arcángel Miguel, donde se planeaba una cripta para los hermanos, pero nunca se creó. Esta iglesia fue consagrada el 10 de noviembre de 1902 por el abad de Optina Pustyn, el igumen Ksenofont.

La elección de los santos para la consagración de la iglesia no es casual. El santo León de Catán fue el protector del primer anciano de Optina, León, y el venerable Juan de Rila, que lleva el mismo nombre que el santo justo Juan de Kronstadt, quien bendijo la construcción. La iglesia inferior fue consagrada en honor al arcángel Miguel en memoria del constructor Mijaíl Ivánov. En 1907, la iglesia inferior fue cerrada debido a la humedad, y el iconostasio fue trasladado al monasterio. Posteriormente se realizaron trabajos de drenaje, pero la iglesia no fue reabierta. La iglesia superior se utilizó en verano.

Después de la revolución, la iglesia fue cerrada. En 1918 aún se celebraban servicios en ella, pero luego el edificio fue utilizado por instituciones seculares, en los últimos años, por una escuela agrícola. En 1988, tras la reanudación del monasterio, el skit y la iglesia fueron devueltos a la Iglesia. Actualmente, en el edificio de la iglesia se encuentra un hotel de peregrinos masculino, y se están llevando a cabo trabajos de restauración que concluirán con la consagración de la iglesia.

El 17 de enero de 2012 se llevó a cabo la pequeña consagración de la iglesia inferior en honor al Concilio del arcángel Miguel.