À la fin du XIXe siècle, il était prévu d'ajouter un bâtiment en pierre à l'église du monastère en l'honneur du Concile de saint Jean Baptiste. Cependant, la consistance spirituelle de Kalouga n'a pas approuvé le projet, car de telles extensions ne correspondaient pas aux normes de construction. Ils ont alors décidé de construire une nouvelle église en pierre. L'initiateur de la construction était le bienfaiteur du monastère, le marchand de Iekaterinbourg Mikhaïl Ivanovitch Ivanov, qui a ensuite pris le rasophore.

La construction était dirigée par le moine rasophore Viktor Weidenhammer. Des désaccords sont apparus parmi la fraternité du monastère concernant la nécessité d'ériger une église à deux étages, qui ne s'harmonisait pas tout à fait avec l'architecture du monastère. Pour résoudre les doutes, en février 1901, le moine rasophore Ioann, disciple du vieil homme Iosif, est parti à Kronstadt pour obtenir la bénédiction du vénéré père Ioann de Kronstadt.

Le saint juste Ioann de Kronstadt a béni la construction et a promis de visiter le monastère à l'automne, mais la visite n'a pas eu lieu. Ensuite, l'évêque Makari, chef du diocèse de Kalouga et Borovsk, a également béni la construction. En mars 1901, les travaux préparatoires ont commencé, et en avril, le hiéromoine Nektari a consacré et posé la première pierre de l'église. La construction a avancé rapidement, et un an plus tard, les travaux principaux étaient achevés.

L'église a deux étages. Le supérieur a été consacré le 26 octobre 1902 par l'évêque Veniamin en l'honneur de saint Léon de Katane et de saint Jean de Rila. Dans le sous-sol, une église a été aménagée en l'honneur du Concile de l'archange Michel, où une crypte fraternelle était prévue, mais elle n'a jamais été créée. Cette église a été consacrée le 10 novembre 1902 par l'abbé de l'Optina Pustyn, l'igoumène Ksenophont.

Le choix des saints pour la consécration de l'église n'est pas anodin. Saint Léon de Katane était le patron du premier ancien d'Optina, Léon, et saint Jean de Rila, homonyme du saint juste Ioann de Kronstadt, qui a béni la construction. La chapelle inférieure a été consacrée en l'honneur de l'archange Michel en mémoire du bâtisseur Mikhaïl Ivanov. En 1907, la chapelle inférieure a été supprimée en raison de l'humidité, et l'iconostase a été transférée au monastère. Plus tard, des travaux de drainage ont été effectués, mais l'église n'a pas été rouverte. L'église supérieure était utilisée en été.

Après la révolution, l'église a été fermée. En 1918, des services religieux y étaient encore célébrés, mais ensuite le bâtiment a été utilisé par des institutions civiles, ces dernières années, par une école agricole. En 1988, après la restauration du monastère, le monastère et l'église ont été restitués à l'Église. Actuellement, le bâtiment de l'église abrite une auberge pour pèlerins, et des travaux de restauration sont en cours, qui se termineront par la consécration de l'église.

Le 17 janvier 2012, une petite consécration de la chapelle inférieure en l'honneur du Concile de l'archange Michel a eu lieu.