Храм святителя Алексия митрополита Московского, который ранее входил в состав Христорождественского монастыря, находится к западу от Христорождественской церкви. Надвратная церковь Святого Алексея Митрополита с колокольней и Святыми воротами была возведена в 1701 году при игуменье Анне.

С западной стороны к храму примыкала часовая будка на четырех деревянных столбах, а изнутри монастыря, две деревянные паперти. В 1732 году обветшавший храм, с которого упала глава, был отремонтирован. В 1748 году церковь сгорела вместе с утварью, но вскоре была восстановлена. Вероятно, тогда же деревянный столп для часов заменили на кирпичный с внутренним ходом, который сохранился до наших дней.

Алексеевская церковь не отличалась богатством утвари и иконостаса, так как службы в ней проводились в основном летом, когда все необходимое приносили из Христорождественской церкви. В конце XVIII века церковь снова сгорела, и колокола на колокольне разбились или расплавились. Поврежденный ярус звона разобрали и построили более высокую колокольню в классическом стиле. Возможно, тогда же были заштукатурены оконные наличники в стиле нарышкинского барокко, следы которых видны на стенах. Около 1800 года колокольня была завершена, и на нее подняли шесть колоколов, отлитых на московском заводе купца Струговникова.

В 1896 году с благословения епископа Мисаила разобрали обветшавшую паперть и пристроили к южной стене церкви двухэтажное кирпичное здание, где с 1898 года действовала женская церковно-приходская школа. Школа была закрыта после революции, а здание конфисковано. Позднее надвратная церковь также была закрыта, и колокола сняты. Во время Великой Отечественной войны школа сгорела, а колокольня была повреждена снарядами.

В 1947 и 1949 годах началась разработка проекта восстановления. Авторами проекта были инспектор по охране памятников М.В. Каплинский, главный инженер Лисицын и проектировщик Гусаров. Проект предусматривал снос колокольни XIX века и восстановление церкви в виде, который, по мнению Каплинского, она имела в начале XVIII века, хотя документальных данных для этого не было.

Из-за недостатка средств проект не был полностью реализован. Реставраторы разобрали колокольню и удалили штукатурку на Святых воротах, открыв следы наличников XVIII века. Храм, частично восстановленный, оказался в руках случайных пользователей, что привело к дальнейшим утратам. Второй этаж апсиды был разобран и заменен деревянным сараем. В таком виде храм дошел до наших дней.