La iglesia del Santo Alejo, Metropolitano de Moscú, que anteriormente formaba parte del monasterio de Cristo Nacido, se encuentra al oeste de la iglesia de Cristo Nacido. La iglesia de la puerta de San Alejo Metropolitano con campanario y Puertas Sagradas fue construida en 1701 bajo la abadesa Anna.

En el lado oeste, la iglesia estaba adyacente a una caseta de reloj sobre cuatro columnas de madera, y desde el interior del monasterio, había dos pórticos de madera. En 1732, la iglesia deteriorada, de la cual se había caído la cúpula, fue reparada. En 1748, la iglesia se incendió junto con los utensilios, pero pronto fue restaurada. Probablemente, en ese entonces, el pilar de madera para el reloj fue reemplazado por uno de ladrillo con un acceso interno, que ha sobrevivido hasta nuestros días.

La iglesia de Alejo no se distinguía por la riqueza de sus utensilios e iconostasio, ya que los servicios se llevaban a cabo principalmente en verano, cuando todo lo necesario se traía de la iglesia de Cristo Nacido. A finales del siglo XVIII, la iglesia volvió a arder, y las campanas del campanario se rompieron o se fundieron. La parte dañada del campanario fue desmantelada y se construyó un campanario más alto en estilo clásico. Es posible que en ese momento también se enlucieran los marcos de las ventanas en el estilo barroco de Naryshkin, cuyos rastros son visibles en las paredes. Alrededor de 1800, el campanario fue completado y se levantaron seis campanas, fundidas en la fábrica de Moscú del comerciante Strugovnikov.

En 1896, con la bendición del obispo Misaíl, se desmanteló el pórtico deteriorado y se adosó a la pared sur de la iglesia un edificio de ladrillo de dos pisos, donde desde 1898 funcionó una escuela parroquial femenina. La escuela fue cerrada después de la revolución, y el edificio fue confiscado. Más tarde, la iglesia de la puerta también fue cerrada, y las campanas fueron retiradas. Durante la Gran Guerra Patria, la escuela se incendió, y el campanario fue dañado por proyectiles.

En 1947 y 1949, se inició el desarrollo del proyecto de restauración. Los autores del proyecto fueron el inspector de protección de monumentos M.V. Kaplinsky, el ingeniero jefe Lisitsyn y el diseñador Gusárov. El proyecto preveía la demolición del campanario del siglo XIX y la restauración de la iglesia en la forma que, según Kaplinsky, tenía a principios del siglo XVIII, aunque no había datos documentales para ello.

Debido a la falta de fondos, el proyecto no se llevó a cabo en su totalidad. Los restauradores desmantelaron el campanario y eliminaron el enlucido de las Puertas Sagradas, descubriendo los rastros de los marcos del siglo XVIII. La iglesia, parcialmente restaurada, quedó en manos de usuarios ocasionales, lo que llevó a más pérdidas. El segundo piso del ábside fue desmantelado y reemplazado por un cobertizo de madera. En esta forma, la iglesia ha llegado hasta nuestros días.