На месте современного храма Спаса Преображения Господня, возведенного в 1886-1888 годах, ранее располагался Спасо-Преображенский монастырь, стоявший на берегу реки Сходни (в прошлом Всходни). Монастырь, существовавший с XIV века до середины XVIII века, дал название селу Спасское, находившемуся поблизости. Другое соседнее село, Тушино, получило свое имя от прозвища владельца этих земель, Родиона Нестеровича Квашни, известного как "Туша".

В период Смутного времени монастырь был разрушен, а позже пришел в упадок и в 1764 году был упразднен. Одна из его церквей, храм Преображения, стала приходской для жителей сел Спасское и Тушино. Во второй половине XVIII века возникла необходимость расширения или перестройки церкви из-за увеличения числа прихожан и ветхости здания. Кроме того, расположение на краю высокого берега реки, подверженного оползням, вызывало беспокойство у местных жителей.

В 1870-х годах было решено разобрать старый храм и построить новый каменный на противоположном конце главной улицы села Спасское, вдали от реки. Проект нового храма разработал архитектор Владислав Осипович Груздин. После сноса старой трапезной и колокольни, уцелевший кирпич использовали для возведения ограды вокруг нового храма.

Архитектура новой церкви Спаса Преображения отражала возрождение национальных русских традиций храмового зодчества. Высокий одноглавый четверик завершался кокошниками и луковичной главой на глухом барабане. Масштабный объем подчеркивался трехчастной апсидой, над полукружиями которой возвышались киоты с иконами. Основной объем храма уравновешивала высокая трехъярусная колокольня. Краснокирпичные стены не оштукатурили, и на их фоне выделялись побеленные детали. Центральный алтарь украшал пятиярусный иконостас.

Храм был освящен митрополитом Московским и Коломенским Иоанникием в праздник Преображения Господня 6 августа 1886 года.

После революции 1917 года церковные земли национализировали, колокольню и купол церкви снесли. В здании храма сначала разместили клуб для рабочих, затем оно использовалось как склад стройматериалов.

В 1990 году патриарх Московский и Всея Руси Алексий II освятил храм, и в нем возобновились богослужения.

С возвращением храма Русской Православной церкви началось его восстановление. В 1990-х годах была восстановлена колокольня, главный и два малых позолоченных купола, киоты над полукружиями апсид. Тимпаны кокошников и киоты украсили мозаичными панно. По сохранившимся фрагментам воссоздали ажурную ограду на кирпичном цоколе и отреставрировали Святые ворота.