En el lugar de la actual iglesia de la Transfiguración del Señor, construida entre 1886 y 1888, anteriormente se encontraba el monasterio de Spaso-Transfiguración, que estaba a orillas del río Shchodnya (anteriormente Vshodnya). El monasterio, que existió desde el siglo XIV hasta mediados del siglo XVIII, dio nombre a la aldea de Spasskoe, que se encontraba cerca. Otra aldea vecina, Tushino, recibió su nombre del apodo del propietario de estas tierras, Rodion Nesterovich Kvashni, conocido como "Tusha".

Durante el período de la Tiempo de Troubles, el monasterio fue destruido y luego decayó, siendo abolido en 1764. Una de sus iglesias, la iglesia de la Transfiguración, se convirtió en parroquial para los habitantes de las aldeas de Spasskoe y Tushino. En la segunda mitad del siglo XVIII, surgió la necesidad de ampliar o reconstruir la iglesia debido al aumento del número de feligreses y la antigüedad del edificio. Además, la ubicación en el borde de un alto acantilado del río, propenso a deslizamientos de tierra, preocupaba a los habitantes locales.

En la década de 1870, se decidió desmantelar la antigua iglesia y construir una nueva de piedra en el extremo opuesto de la calle principal de la aldea de Spasskoe, lejos del río. El proyecto de la nueva iglesia fue diseñado por el arquitecto Vladislav Osipovich Gruzdin. Después de la demolición del antiguo refectorio y del campanario, se utilizó el ladrillo sobreviviente para construir la cerca alrededor de la nueva iglesia.

La arquitectura de la nueva iglesia de la Transfiguración reflejaba el renacimiento de las tradiciones nacionales rusas de la arquitectura de templos. El alto cubo de una sola cúpula estaba coronado con kokoshniks y una cúpula bulbosa sobre un tambor ciego. El volumen masivo se acentuaba con un ábside de tres partes, sobre cuyos semicírculos se elevaban los kiots con íconos. El volumen principal de la iglesia estaba equilibrado por un alto campanario de tres niveles. Las paredes de ladrillo rojo no estaban enlucidas, y en su fondo destacaban los detalles blanqueados. El altar central estaba adornado con un iconostasio de cinco niveles.

La iglesia fue consagrada por el metropolitano de Moscú y Kolomna, Ioanniki, en la festividad de la Transfiguración del Señor el 6 de agosto de 1886.

Después de la revolución de 1917, las tierras de la iglesia fueron nacionalizadas, y el campanario y la cúpula de la iglesia fueron demolidos. En el edificio de la iglesia, primero se estableció un club para trabajadores, y luego se utilizó como almacén de materiales de construcción.

En 1990, el patriarca de Moscú y de toda Rusia, Alexio II, consagró la iglesia, y se reanudaron los servicios religiosos en ella.

Con el regreso de la iglesia a la Iglesia Ortodoxa Rusa, comenzó su restauración. En la década de 1990, se restauró el campanario, la cúpula principal y dos pequeñas cúpulas doradas, así como los kiots sobre los semicírculos de los ábsides. Los tímpanos de los kokoshniks y los kiots fueron decorados con paneles de mosaico. A partir de los fragmentos conservados, se recreó la cerca de filigrana sobre un zócalo de ladrillo y se restauraron las Puertas Santas.