Храм Рождества Пресвятой Богородицы в Богородично-Рождественской пустыни был возведен в 1796 году на средства дворянской семьи Позняковых, Александра Адриановича и Анны Васильевны. Архитектура храма выполнена в ампирном стиле. Он имеет два престола: главный освящен в честь Рождества Пресвятой Богородицы, а второй, в честь святых Космы и Дамиана Римских.

После революции 1917 года храм функционировал до 1938 года, когда по сфабрикованному делу были арестованы и расстреляны настоятель архимандрит Евфросин (Фомин) и председатель церковного совета Андрей Анохин, а староста Елена Кондратьева была приговорена к 10 годам лагерей. После закрытия храма все его имущество было конфисковано, а фруктовый сад вырублен. Во время фашистской оккупации немцы использовали здание церкви для содержания скота. В 1950-е годы храм был вновь открыт. Его восстановлением занимался священник Андрей Павликов, полковник в отставке и участник Великой Отечественной войны, награжденный многими орденами. Отец Андрей служил в храме 17 лет и заботился о монашествующих, поселившихся в окрестных селах после закрытия монастырей. Первоначально службы проводились в малом приделе в честь Космы и Дамиана, а затем был восстановлен и главный придел.

28 февраля 1972 года настоятелем храма стал иеромонах Аркадий (Афонин), постриженик Троице-Сергиевой Лавры. Он служил с перерывом с 1 апреля 1974 года по 1 сентября 1975 года до 25 марта 1991 года, когда был назначен епископом Южно-Сахалинским. По благословению епископа Калужского и Боровского Доната (Щеголева) отец Аркадий начал создание женской монашеской общины. Он построил при храме дом с кельями для сестер и пригласил опытных монахинь, постриженных в старых монастырях. В общине поселились монахиня Анастасия (Кузьмина), схимонахиня Марфа, постриженица Оптинского иеромонаха Мелетия (Бармина), схимонахиня Тихона, монахини Дорофея, Никодима, Агния, Ксения, слепая монахиня Иулия и другие. В общину также пришли молодые сестры, трое из которых приняли монашеский постриг, а четверо, иноческий.

С открытием новых монастырей и из-за преклонного возраста сестер к началу 1990-х годов в общине осталось только четыре насельницы. 4 апреля 1993 года, по благословению архиепископа Климента, для укрепления общины в Барятино были направлены несколько насельниц из Свято-Никольского Черноостровского монастыря. Старшей сестрой была назначена монахиня Феофила (Лепешинская). Община начала развиваться: были построены новые корпуса, увеличилось число насельниц. 26 декабря 1995 года решением Священного Синода Русской Православной Церкви монашеская община была преобразована в женский монастырь, Богородицерождественскую девичью пустынь, а монахиня Феофила стала настоятельницей.