La Iglesia de la Natividad de la Santísima Virgen María en el desierto de Bogorodichno-Rozhdestvenskaya fue construida en 1796 con fondos de la familia noble Poznyakov, Alexander Adrianovich y Anna Vasilyevna. La arquitectura de la iglesia está realizada en estilo imperio. Tiene dos altares: el principal está consagrado en honor a la Natividad de la Santísima Virgen María, y el segundo, en honor a los santos Cosme y Damián de Roma.

Después de la revolución de 1917, la iglesia funcionó hasta 1938, cuando, tras un caso fabricado, fueron arrestados y fusilados el abad archimandrita Eufrosin (Fomin) y el presidente del consejo de la iglesia, Andrey Anokhin, mientras que la anciana Elena Kondratieva fue condenada a 10 años de campos de trabajo. Tras el cierre de la iglesia, todos sus bienes fueron confiscados y el huerto fue talado. Durante la ocupación fascista, los alemanes utilizaron el edificio de la iglesia para el ganado. En la década de 1950, la iglesia fue reabierta. Su restauración fue llevada a cabo por el sacerdote Andrey Pavlikov, coronel retirado y participante de la Gran Guerra Patria, con múltiples condecoraciones. El padre Andrey sirvió en la iglesia durante 17 años y cuidó de los monjes que se establecieron en los pueblos cercanos después del cierre de los monasterios. Inicialmente, los servicios se celebraban en la pequeña capilla en honor a Cosme y Damián, y luego se restauró el altar principal.

El 28 de febrero de 1972, el sacerdote de la iglesia se convirtió en el ieromonje Arkaid (Afonin), monje de la Lavra de la Trinidad de San Sergio. Sirvió con interrupciones desde el 1 de abril de 1974 hasta el 1 de septiembre de 1975 y hasta el 25 de marzo de 1991, cuando fue nombrado obispo de Yuzhno-Sajalinsk. Con la bendición del obispo de Kaluga y Borovsk, Donat (Shchegolev), el padre Arkaid comenzó a crear una comunidad monástica femenina. Construyó una casa con celdas para las hermanas y invitó a monjas experimentadas, que habían sido tonsuradas en antiguos monasterios. En la comunidad se establecieron la monja Anastasia (Kuzmina), la esquimona Marfa, tonsurada por el ieromonje Meléti (Barmin) de Optina, la esquimona Tikhona, las monjas Dorofeya, Nikodim, Agnia, Ksenia, la monja ciega Iuliya y otras. También llegaron jóvenes hermanas, tres de las cuales tomaron el hábito monástico, y cuatro, el de la vida eremítica.

Con la apertura de nuevos monasterios y debido a la avanzada edad de las hermanas, a principios de la década de 1990, solo quedaban cuatro residentes en la comunidad. El 4 de abril de 1993, con la bendición del arzobispo Kliment, se enviaron varias residentes del monasterio de San Nicolás de Chernoostrov a Baryatino para fortalecer la comunidad. La monja Teofila (Lepeshinskaya) fue nombrada hermana mayor. La comunidad comenzó a desarrollarse: se construyeron nuevos edificios y aumentó el número de residentes. El 26 de diciembre de 1995, por decisión del Santo Sínodo de la Iglesia Ortodoxa Rusa, la comunidad monástica fue transformada en un monasterio femenino, el desierto de la Natividad de la Virgen María, y la monja Teofila se convirtió en la abadesa.