Этот архитектурный комплекс, самый сложный по конструкции и формам среди сооружений монастырского ансамбля, объединяет колокольню, трапезную, теплую церковь Рождества Христова и церковь преподобного Онуфрия.

Снаружи комплекс выглядит как массивное, строгое двухэтажное здание без излишеств и украшений, плотно прилегающее к колокольне. Единственным декоративным элементом на гладких стенах служат два узорчатых кирпичных пояска: один разделяет здание на два этажа, а другой завершает верх стены. Маленькие окна, расположенные в глубине толстых стен, не имеют даже простых наличников.

Трапезная палата по своему устройству напоминает Грановитую палату Московского Кремля. Это большой зал площадью 260 квадратных метров со сводчатым потолком, который опирается на стены и один квадратный центральный столп. В толще стен размещены небольшие окна, что способствует хорошей естественной освещенности. Хотя соотношение световой площади окон к площади пола в современных зданиях составляет 1:3 или 1:6, в трапезной оно равно 1:50. Тем не менее, благодаря конструктивным особенностям окон и отраженному свету, в помещении достаточно светло.

В трапезной замечательная акустика: своды отражают и направляют звук так хорошо, что даже тихо сказанные слова в одном углу слышны в противоположном. Особенность здания в том, что в прошлом в его помещениях не было отопительных печей. Теплый воздух с первого этажа, где находились хлебопекарня и кухня, по каналам в стенах прогревал верхние палаты. Этого тепла хватало для круглогодичного функционирования церкви и трапезной. Такой вид отопления сейчас называют калориферным. Полы трапезной были выложены плиточным кирпичом и располагались ниже нынешнего уровня на 40-50 см, что придавало ей объемность и легкость. Объем трапезной был больше современного почти на 150 кубических метров.

В «Историческом описании Боровского Пафнутьева монастыря» говорится, что ранее помещения храма и трапезной были украшены настенной росписью, уничтоженной во время нашествия французов в 1812 году. С восточной стороны к трапезной примыкают два помещения, выполненные в одном объеме с ней: храм Рождества Христова и келарские покои. Первоначально храм был однопрестольным и отделялся от трапезной глухой стеной с дверью. В 1776 году в примыкающей с юга к церкви келарской палате был устроен придел в честь преподобного Онуфрия, а после пожара и разорения в 1812 году здесь разместилась монастырская ризница, где хранили часть дорогих церковных облачений, вышитых золотом и серебром, с драгоценными камнями, пожертвованными монастырю щедрыми благотворителями.

На фотографии здания, сделанной перед началом реставрационных работ, видны две небольшие главы с крестами: одна над церковью Рождества Христова, другая над церковью преподобного Онуфрия. Сейчас на месте церкви преподобного Онуфрия находится иконно-книжная лавка, а на месте церкви Рождества Христова восстановлен храм, который пока не освящен. С северной и южной сторон к трапезной примыкают паперти. Северная паперть вошла в массив построенной в XVII веке колокольни. В трапезную с северной стороны ведет широкая кирпичная лестница с высокими ступеньками, непривычными для современного человека. Здесь на сводах, стенах и столбах сохранилась фресковая живопись XVII века, сильно пострадавшая от пожара в 1812 году и не поновлявшаяся, а лишь забеливавшаяся. Художники-реставраторы в 1970 и 1975 годах исследовали сохранность росписи и пришли к выводу, что она представляет большой интерес и подлежит реставрации. Нижняя часть стен расписана орнаментом, над которым изображены фигуры святых почти в натуральную величину, а выше по своду, поясные фигуры в кругах, перевитых виноградными лозами.

С паперти вверх ведет лестница, ведущая в бывшую монастырскую библиотеку и ризницу, а затем на верх колокольни. На нижнем этаже раньше размещались братская хлебопекарня, кухня и кладовые. На сегодняшний день восстановительные работы практически завершены: помещения восстановлены, закуплено современное оборудование для пекарни, где для нужд монастыря и паломников выпекается хлеб и выпечка по старинным рецептам.