Este complejo arquitectónico, el más complejo en construcción y formas entre las estructuras del conjunto monástico, une el campanario, el refectorio, la cálida iglesia de la Natividad de Cristo y la iglesia del venerable Onufrio.

Desde afuera, el complejo se presenta como un edificio masivo y austero de dos pisos, sin excesos ni adornos, adosado al campanario. El único elemento decorativo en las paredes lisas son dos frisos de ladrillo decorados: uno divide el edificio en dos pisos y el otro corona la parte superior de la pared. Las pequeñas ventanas, situadas en la profundidad de las gruesas paredes, no tienen ni siquiera simples marcos.

El refectorio, en su disposición, recuerda a la Cámara de los Granitos del Kremlin de Moscú. Es una gran sala de 260 metros cuadrados con un techo abovedado que se apoya en las paredes y un pilar central cuadrado. En el grosor de las paredes hay pequeñas ventanas, lo que contribuye a una buena iluminación natural. Aunque la proporción de la superficie de las ventanas con respecto al área del suelo en los edificios modernos es de 1:3 o 1:6, en el refectorio es de 1:50. Sin embargo, gracias a las características constructivas de las ventanas y la luz reflejada, el espacio es bastante luminoso.

El refectorio tiene una acústica maravillosa: las bóvedas reflejan y dirigen el sonido tan bien que incluso las palabras susurradas en una esquina se oyen en la opuesta. Una característica del edificio es que en el pasado no había estufas de calefacción en sus habitaciones. El aire caliente del primer piso, donde estaban la panadería y la cocina, calentaba las habitaciones superiores a través de canales en las paredes. Este calor era suficiente para el funcionamiento durante todo el año de la iglesia y el refectorio. Este tipo de calefacción se llama actualmente calefacción por convección. Los pisos del refectorio estaban revestidos con ladrillo de cerámica y se encontraban 40-50 cm por debajo del nivel actual, lo que le daba volumen y ligereza. El volumen del refectorio era casi 150 metros cúbicos mayor que el actual.

En la "Descripción Histórica del Monasterio de Pafnutio de Borovsk" se menciona que anteriormente las habitaciones de la iglesia y el refectorio estaban decoradas con frescos, destruidos durante la invasión de los franceses en 1812. Al lado este del refectorio se adosan dos habitaciones, realizadas en un solo volumen con él: la iglesia de la Natividad de Cristo y las celdas del sacristán. Originalmente, la iglesia tenía un solo altar y estaba separada del refectorio por una pared ciega con una puerta. En 1776, en la celda del sacristán adosada al sur de la iglesia, se organizó un altar en honor al venerable Onufrio, y después del incendio y la devastación en 1812, aquí se ubicó la sacristía del monasterio, donde se guardaban algunas de las valiosas vestiduras eclesiásticas, bordadas en oro y plata, con piedras preciosas, donadas al monasterio por generosos benefactores.

En la fotografía del edificio, tomada antes del inicio de las obras de restauración, se pueden ver dos pequeñas cúpulas con cruces: una sobre la iglesia de la Natividad de Cristo y otra sobre la iglesia del venerable Onufrio. Actualmente, en el lugar de la iglesia del venerable Onufrio hay una tienda de íconos y libros, y en el lugar de la iglesia de la Natividad de Cristo se ha restaurado el templo, que aún no ha sido consagrado. A los lados norte y sur del refectorio se adosan pórticos. El pórtico norte se adosa a la masa del campanario construido en el siglo XVII. Al refectorio se accede desde el lado norte por una amplia escalera de ladrillo con escalones altos, inusuales para el hombre moderno. Aquí, en las bóvedas, paredes y columnas, se ha conservado la pintura mural del siglo XVII, que sufrió mucho por el incendio de 1812 y no fue restaurada, solo blanqueada. Los artistas restauradores en 1970 y 1975 investigaron la conservación de la pintura y concluyeron que es de gran interés y debe ser restaurada. La parte inferior de las paredes está decorada con un ornamento, sobre el cual se representan figuras de santos casi a tamaño natural, y más arriba en la bóveda, figuras en círculos, entrelazadas con vides.

Desde el pórtico, una escalera lleva hacia arriba a la antigua biblioteca del monasterio y a la sacristía, y luego a la cima del campanario. En el piso inferior anteriormente se encontraban la panadería de los hermanos, la cocina y las despensas. Actualmente, los trabajos de restauración están prácticamente finalizados: las habitaciones han sido restauradas, se ha adquirido equipo moderno para la panadería, donde se hornean pan y pasteles según recetas antiguas para las necesidades del monasterio y de los peregrinos.