Храм преподобного Сергия Радонежского на станции Исакогорка был открыт в первую очередь для работников железнодорожного узла. Еще в 1895 году, вскоре после начала строительства железной дороги, здесь уже действовала передвижная церковь.

Через несколько лет после ввода дороги в эксплуатацию началось строительство деревянного храма. Жители Исакогорки выбрали для него высокое и сухое место, называемое "кулебякой", и за год возвели храм. В 1902 году тишину таежных лесов и болот нарушил звон колоколов нового храма, освященного в честь преподобного Сергия Радонежского.

Церковь привлекала внимание своим внешним видом: высокая звонница, крыша с несколькими уровнями, большие окна с цветными стеклами и крупные кресты, встроенные в стены. По обе стороны дороги, ведущей к храму, были высажены березы. Храм всегда был многолюдным: его посещали не только железнодорожники, но и крестьяне из окрестных деревень Заручье, Исакова гора, Валдушки, Лахта и Холм.

В 1924 году церковь закрыли, и в ней разместили спортзал, а затем школьные мастерские. В 1930 году здесь открыли магазин, который верующие долгое время бойкотировали в знак протеста против осквернения храма. Лишь спустя почти 70 лет храм был восстановлен усилиями верующих и священника отца Василия Гангура, который стал его первым настоятелем. Воссоздать прежний внешний вид и внутреннее убранство было невозможно, но главное, прихожане вновь получили возможность молиться в храме.

7 августа 1994 года настоятель кафедрального собора протоирей Владимир Кузив освятил кресты храма, а первая литургия состоялась 15 октября 1995 года.