Впервые церковь упоминается в 1626 году в Писцовых книгах Керекрейского В.А., где говорится: «Церковь Покров Пречистой Богородицы, а в церкви образы, свечи, книги, ризы, колокола и всякое церковное строение». Последний раз о старой деревянной Покровской церкви в Белгороде упоминается в 1787 году. В клировой ведомости 1870 года указано: «Покровская церковь каменная с такой же колокольней, построена в 1791 году; приделы устроены: с южной стороны во имя святителя Митрофана Воронежского в 1837 году, а с северной во имя святителя Тихона Задонского в 1865 году, на средства прихожан».

Церковь находится севернее Успенско-Николаевского собора на улице Пушкина (ранее Батальонная). В 1837 году к южному, а в 1865 году к северному фасадам были добавлены новые приделы, что придало зданию квадратную форму.

Это интересный образец архитектуры конца XVIII века. В объемной композиции церкви выделяются двухсветный четверик храма с кубоватой крышей и главкой на малом четверике, четырехъярусная колокольня с уменьшающимися ярусами, установленная на притвор, закрытый поздними пристройками, и двухсветная пятигранная апсида. Центры северного и южного приделов выделены треугольными фронтонами и завершены двускатными крышами. В архитектурной пластике фасадов заметно стилистическое разделение: четверик храма и центральная апсида выполнены в барочных формах, а колокольня типична для раннего классицизма. В северных и южных пристройках преобладают классицистические приемы середины XIX века.

Во второй половине XX века здание церкви использовалось как механические мастерские. Реставрация началась в 1991 году, и уже в 1993 году в храм из села Зимовеньки был переведен центр Марфо-Мариинской обители.