До 1713 года над святым источником в Курской Коренной пустыни стояла простая деревянная церковь. Строительство каменного храма стало возможным благодаря генерал-фельдмаршалу Шереметеву.

Согласно монастырским записям, после победы над шведами под Полтавой фельдмаршал граф Б. П. Шереметев, проезжая в Москву мимо Коренной пустыни, заехал туда помолиться. Он увидел, что на этом значимом и святом месте стоит старая деревянная церковь, и, проникнувшись усердием к Пресвятой Богородице, решил построить каменный храм на свои средства. Строительство велось под его присмотром.

Борис Петрович Шереметев также пожертвовал храму некоторую утварь. Хотя неизвестно, насколько он обеспечил церковь всем необходимым, здесь долгое время хранилось Евангелие с его личной надписью: «Сие Святое Евангелие подано от фельдмаршала Б. П. Шереметева во вновь построенную от него каменную церковь во имя Живоносного Источника на святом кладезе, лета 1714, августа в 17 день». В описи 1765 года о церкви в честь иконы Божией Матери «Живоносный Источник» упоминается, что она была каменной, располагалась у реки Тускори и имела две деревянные главы. Одна из них была окрашена и украшена позолоченным крестом, а другая, над алтарем, оставалась неокрашенной и без позолоты.

В начале XIX века храм был покрыт железом благодаря пожертвованию петербургского купца Матвея Глухова. При архимандрите Паисии, который управлял Коренной пустынью в 1831 и 1841 годах, от верхней площади монастыря до церкви Живоносного Источника были построены каменные ступени из восьми уступов. В дореволюционном описании обители говорится, что первые два уступа шли от юга к северу, начинаясь напротив южной стороны собора, а остальные спускались к церкви с запада на восток.

Храм иконы Божией Матери «Живоносный источник» был восстановлен в 2012 году и освящён архиерейским чином 24 сентября того же года.