В 1816 году на северной окраине города, на месте нынешней Первой городской клинической больницы, Сенного рынка и гостиницы "Интурист", была построена деревянная церковь в честь святого апостола Фомы. Ее возведение стало возможным благодаря усилиям протоиерея Кирилла Российского из Войскового Воскресенского собора и пожертвованиям казаков, а также средствам, оставленным полковником Гуликом.

Рядом с церковью была создана богадельня для раненых и немощных черноморских казаков и казачек. Со временем здание обветшало, и было решено его обновить и расширить. Однако, по инициативе генерал-майора Заводовского, было принято решение построить новое, более удобное и красивое здание для храма и богадельни.

В 1833 году капитан Петров, военный инженер, разработал проект ансамбля церкви, богадельни и больницы. В марте 1843 года состоялось малое освящение храма, после чего начались богослужения. Великое освящение прошло в мае 1844 года.

После смерти в ноябре 1853 года наказного атамана Заводовского, который много сделал для храма и богадельни, его похоронили рядом с супругой, и над их могилами возвели каменную часовню с золоченным крестом.

Со временем вокруг храма и богадельни начали появляться здания городской больницы. В мае 1922 года из церкви изъяли серебряную утварь под предлогом помощи голодающим Поволжья. Вскоре после этого церковь была закрыта, и в ее стенах разместились складские и хозяйственные службы больницы, а также лекционный зал медицинского института.

Спустя 150 лет после освящения храма началось его возрождение. Первый молебен был отслужен 17 июля 1994 года, а 5 декабря 1999 года митрополит Екатеринодарский и Кубанский Исидор совершил Великое освящение храма.