En 1816, à la périphérie nord de la ville, sur le site de l'actuel premier hôpital clinique municipal, du marché de Sennoy et de l'hôtel « Intourist », une église en bois a été construite en l'honneur de saint apôtre Thomas. Sa construction a été rendue possible grâce aux efforts du prêtre Kirill Russe de la cathédrale militaire de Voskresensky et aux dons des cosaques, ainsi qu'aux fonds laissés par le colonel Gulik.

À côté de l'église, un hospice a été créé pour les cosaques et cosaques blessés et infirmes de la mer Noire. Avec le temps, le bâtiment s'est détérioré et il a été décidé de le rénover et de l'agrandir. Cependant, à l'initiative du général-major Zavodovsky, il a été décidé de construire un nouveau bâtiment plus confortable et plus beau pour l'église et l'hospice.

En 1833, le capitaine Petrov, ingénieur militaire, a élaboré le projet de l'ensemble de l'église, de l'hospice et de l'hôpital. En mars 1843, la petite consécration de l'église a eu lieu, après quoi les services religieux ont commencé. La grande consécration a eu lieu en mai 1844.

Après la mort en novembre 1853 du ataman exécutif Zavodovsky, qui a beaucoup fait pour l'église et l'hospice, il a été enterré à côté de sa femme, et une chapelle en pierre avec une croix dorée a été érigée au-dessus de leurs tombes.

Avec le temps, des bâtiments de l'hôpital municipal ont commencé à apparaître autour de l'église et de l'hospice. En mai 1922, des objets en argent ont été retirés de l'église sous prétexte d'aider les affamés de la Volga. Peu après, l'église a été fermée, et ses murs ont abrité des services d'entreposage et d'administration de l'hôpital, ainsi qu'une salle de conférence de l'institut médical.

150 ans après la consécration de l'église, son renouveau a commencé. La première prière a été célébrée le 17 juillet 1994, et le 5 décembre 1999, le métropolite d'Ekaterinodar et de Kuban Isidore a célébré la grande consécration de l'église.