Im Jahr 1816 wurde am nordwestlichen Rand der Stadt, an der Stelle des heutigen Ersten städtischen Klinikkrankenhauses, des Sennmarktes und des Hotels "Intourist", eine hölzerne Kirche zu Ehren des heiligen Apostels Thomas erbaut. Ihr Bau wurde durch die Bemühungen von Protopriester Kyrill Russki aus der Militär-Wassiljewski-Kathedrale und durch Spenden der Kosaken sowie durch Mittel, die von Colonel Gulik hinterlassen wurden, möglich.

Neben der Kirche wurde ein Asyl für verwundete und gebrechliche Schwarzmeer-Kosaken und -Kosakinnen eingerichtet. Mit der Zeit wurde das Gebäude baufällig, und es wurde beschlossen, es zu renovieren und zu erweitern. Auf Initiative von Generalmajor Zawodowski wurde jedoch beschlossen, ein neues, bequemeres und schöneres Gebäude für die Kirche und das Asyl zu errichten.

Im Jahr 1833 entwarf Hauptmann Petrow, ein Militäringenieur, das Projekt für das Ensemble von Kirche, Asyl und Krankenhaus. Im März 1843 fand die kleine Weihe der Kirche statt, nach der die Gottesdienste begannen. Die große Weihe fand im Mai 1844 statt.

Nach dem Tod des beauftragten Ataman Zawodowski im November 1853, der viel für die Kirche und das Asyl getan hatte, wurde er neben seiner Frau beigesetzt, und über ihren Gräbern wurde eine steinerne Kapelle mit einem vergoldeten Kreuz errichtet.

Im Laufe der Zeit begannen rund um die Kirche und das Asyl Gebäude des städtischen Krankenhauses zu entstehen. Im Mai 1922 wurde aus der Kirche silbernes Geschirr unter dem Vorwand beschlagnahmt, den hungernden Wolga-Regionen zu helfen. Kurz darauf wurde die Kirche geschlossen, und in ihren Mauern wurden Lager- und Wirtschaftsdienste des Krankenhauses sowie ein Hörsaal der medizinischen Hochschule untergebracht.

150 Jahre nach der Weihe der Kirche begann ihre Wiederbelebung. Der erste Gottesdienst wurde am 17. Juli 1994 gefeiert, und am 5. Dezember 1999 vollzog Metropolit Isidor von Jekaterinodar und Kuban die große Weihe der Kirche.