Одним из немногих сохранившихся шатровых надвратных храмов в древнерусской архитектуре является Евфимиевская церковь. Изначально на этом месте стояла деревянная церковь, построенная по указу Патриарха Филарета в 1629 году, но 4 мая 1640 года она сгорела. По благословению Патриарха Иосифа временно перенесли рубленую Никольскую церковь, которая находилась на берегу Волги у старого монастыря, чтобы заменить сгоревшую Евфимиевскую церковь. С 1642 года монастырь начал закупать кирпич в Балахне для строительства нового каменного храма.

В конце 1644 года настоятелем Печерского монастыря стал дьякон Герман из Успенского собора Московского Кремля, возведённый в сан архимандрита. Он привез с собой зодчего Антипу Константинова. Церковь в честь святого Евфимия Суздальского была построена в 1645 году и стала ярким примером строительства по образцу. Её прообразом послужил Михайло-Архангельский собор Нижегородского кремля, также возведённый Антипой Константиновым. Однако надвратная церковь Печерского монастыря имела свои особенности: она была без притворов и колокольни, с прямоугольной алтарной частью. Верхняя часть здания была заметно меньше по габаритам, чем основание, что зрительно подчеркивало высоту строения.

Нижняя часть храма включала святые ворота и узкий сводчатый проход для пешеходов с примыкающей монастырской сторожкой. К моленному залу, находящемуся под открытым шатром, ведет каменное крыльцо с внутренней стороны монастыря. Декоративное убранство тщательно продумано, а силуэт здания выразителен. Церковь является одной из доминант монастырского ансамбля.

В 2012-2013 годах были проведены реставрационные работы, которые включали усиление и восстановление фундаментов, разборку первоначальной кладки стен, реставрацию лицевой поверхности кирпичной кладки, свода над проездной аркой, монтаж оконных и дверных проемов, кровли, изготовление и установку деревянного балкона, гидроизоляцию стен и фундаментов, реставрацию свода над проездной аркой, устройство кровель из оцинкованной стали, антисептическую обработку каменных и бетонных стен, огнезащитное покрытие деревянных конструкций, улучшенную окраску масляными составами по дереву, устройство новых деревянных крылец с тумбами, остекление переплетов, подшивку потолков, штукатурку поверхностей внутри и снаружи, а также устройство фундамента.