В 2000 году в округе Варавино-Фактория выделили участок земли для строительства храма. Православной общине также передали деревянное одноэтажное здание, расположенное рядом с этим участком. Ранее оно служило приходским молитвенным домом, где регулярно проводились богослужения. Первая Литургия в этом месте прошла в 2002 году на Рождество Христово. Настоятелем нового прихода, по благословению епископа Архангельского и Холмогорского Тихона, был назначен иеромонах Артемиево-Веркольского монастыря Феодосий (Нестеров).

В 2001 году епископ Тихон освятил первый венец и закладной камень храма на берегу Северной Двины в округе Варавино-Фактория в Архангельске. Это событие ознаменовало начало строительства храма в честь святого благоверного князя Александра Невского, который стал подворьем Артемиево-Веркольского монастыря.

В 2004 году на противоположной стороне дороги от места строительства храма, где до революции стояла церковь в честь священномученика Виктора, установили поклонный крест. В советское время эта церковь использовалась как дом пионеров, а в 1960-е годы её разобрали на кирпичи. 12 ноября 2006 года состоялось освящение и установка колоколов на звонницу храма. Колокола, отлитые в Тутаеве Ярославской области в мастерской Владимира Шувалова по старинной технологии, были приобретены на средства, собранные прихожанами.

В феврале 2007 года епископ Тихон совершил великое освящение храма в честь святого благоверного князя Александра Невского.

Деревянная шатровая церковь с колокольней, построенная в традициях древнерусского деревянного зодчества по проекту архитектора А. Б. Барбанова, представляет собой «восьмерик на четверике», увенчанный шатром. Храм украшен изящной резьбой по кровле, а купол покрыт осиновым лемехом.

С увеличением числа прихожан храм перестал вмещать всех желающих посетить богослужения. Архитектор Е. А. Яскорская разработала проект расширения церкви за счёт строительства двух прирубов с северной и южной стороны. Для этого были построены два сруба, свайное поле, и сделаны пропилы в стенах. В результате реконструкции площадь храма увеличилась вдвое.