Музей-заповедник «Фанагория», основанный в 2014 году, находится на территории археологического памятника, руин древнего города Фанагория, который существовал более 1500 лет и, вероятно, был уничтожен в результате вражеского нашествия.

Уникальность этого места заключается в том, что территория археологического памятника почти полностью свободна от современных построек. Это позволяет сохранять целостность природно-ландшафтной историко-культурной среды и проводить академические экспедиции, продолжающие многолетние исследования истории города.

Коллекция уникальных артефактов, найденных во время раскопок в Фанагории и ее окрестностях, рассказывает о жизни греческих поселенцев на территории современной России и о событиях, происходивших здесь в античные и средневековые времена.