Петр Иванович Щукин был одним из крупнейших коллекционеров России во второй половине XIX века. Он происходил из семьи почетных граждан, был действительным статским советником, купцом и меценатом, а также создателем частного музея "Российских древностей".

В 1891 году Щукин приобрел участок на Малой Грузинской улице, где через год архитектор Б.В. Фрейденберг построил "сказочный терем", в котором разместилась его коллекция. Она была известна своей разнообразностью и включала оружие, ткани, ковры, картины, гравюры, церковную утварь, посуду и драгоценности. Особое место занимала библиотека. С 1895 года музей стал доступен для всех желающих, а Петр Иванович лично проводил экскурсии и давал комментарии к экспонатам. В этом месте работали такие известные художники, как А. Васнецов, В. Серов и В. Суриков. Многие элементы декора были вдохновлены русской архитектурой XVII века.

В 1905 году Щукин передал свою коллекцию вместе с землей и зданиями Историческому музею. Усадьба стала частью Императорского Российского Исторического Музея имени императора Александра III, известного как Музей П.И. Щукина. На момент передачи коллекция превосходила все фонды Исторического музея. Щукин до конца жизни оставался хранителем собрания, пополнял его и издавал описи. После его смерти в 1912 году музей прекратил существование, а коллекции были перевезены в Исторический музей.

С 1923 по 1924 годы в зданиях находились фонды Музея Старой Москвы, позже там разместился Музей Центральной Промышленности области. В 1928 году усадьба была передана под студенческое общежитие. В 1934 году два из трех зданий усадьбы стали частью Государственного Биологического музея имени К.А. Тимирязева. Лишь в 1995 году музейный комплекс получил статус памятника градостроительства и архитектуры федерального значения.