Монастырь находится в Эйн-Кареме, примерно в 7 км к юго-западу от Старого города Иерусалима.

В 1869 году архимандрит Антонин (Капустин), возглавлявший Русскую духовную миссию в Иерусалиме, решил приобрести участок с двумя домами и оливковой плантацией в 7 км от Старого города. Это место расположено рядом с селением Эйн-Карем, которое считается местом рождения Иоанна Предтечи и встречи Девы Марии с праведной Елизаветой. Владелец участка, бывший драгоман французского консульства в Иерусалиме Ханна Джельяд, запросил за него 4000 наполеондоров (около 25 тыс. рублей серебром). Для сбора этой суммы в России был создан специальный комитет.

После покупки участка в 1871 году там поселились монахини и паломники. Первая церковь монастыря была освящена 14 февраля 1883 года в честь Казанской иконы Божией Матери и стала главным храмом обители, где хранится чудотворная Казанская икона Богородицы. Справа от входа в Казанскую церковь находится камень, на котором, по преданию, проповедовал Иоанн Креститель. Этот камень был привезён из окрестностей Иерусалима, недалеко от «пустыни» Иоанна Предтечи, рядом с современным посёлком Эвен-Сапир.

В 1898 году община монахинь получила статус монастыря от Святейшего синода, а в 1903 году здесь открылись иконописная и золотошвейная мастерские, которые обеспечивали монастырь средствами к существованию.

В 1910 году началось строительство собора, который планировалось освятить в честь Святой Троицы, но работы были прерваны из-за начала Первой мировой войны.

К 1914 году в монастыре проживали около 200 монахинь, которые по требованию оттоманских властей были вынуждены покинуть обитель и переехать в Александрию. В 1918 году они вернулись в уже повреждённый монастырь, который был восстановлен их усилиями.

С 1920 года, из-за отсутствия связи с Московским патриархатом, монастырь и Русская духовная миссия перешли под управление Русской православной церкви заграницей (РПЦЗ). В 1924 году Горненская община вновь получила канонический статус монастыря.

Многие монахини, пришедшие в обитель в эти годы, были русскими эмигрантками, бежавшими через Бессарабию и Сербию в Святую землю. Лишь несколько послушниц были арабками.

В 1945 году, после визита патриарха Алексия I во Святую землю, среди сестёр возникло разногласие по вопросу юрисдикции, и большинство поддержало переход в Московский патриархат. Иерусалимская патриархия предоставила этим сестрам греческий храм в Эйн-Кареме. В июле 1948 года, во время операции «Нахшон», начались бомбёжки Эйн-Карема, и сёстры бежали в Иорданскую часть Палестины (Елеонский монастырь).

После создания Государства Израиль в 1948 году монастырь и здания Русской духовной миссии были переданы израильскими властями советскому правительству (Московскому патриархату). С середины 1950-х годов монастырь стал единственным женским монастырём Московского патриархата за пределами СССР.

В 1997 году возобновилось строительство собора в честь Святой Троицы, завершённое в 2007 году к 160-летию обители. 28 октября 2007 года храм был освящён малым чином в честь Всех святых в земле Российской просиявших, а 12 ноября 2012 года патриарх Московский Кирилл совершил великое освящение храма. В обители проживает около 60 сестёр.