Le monastère est situé à Ein Karem, à environ 7 km au sud-ouest de la vieille ville de Jérusalem.

En 1869, l'archimandrite Antonin (Kapoustine), qui dirigeait la mission spirituelle russe à Jérusalem, décida d'acheter un terrain avec deux maisons et une oliveraie à 7 km de la vieille ville. Cet endroit est situé près du village d'Ein Karem, qui est considéré comme le lieu de naissance de Jean-Baptiste et de la rencontre de la Vierge Marie avec la juste Élisabeth. Le propriétaire du terrain, ancien dragoman du consulat français à Jérusalem, Hanna Jellad, en demanda 4000 napoléons d'or (environ 25 000 roubles en argent). Un comité spécial fut créé en Russie pour rassembler cette somme.

Après l'achat du terrain en 1871, des religieuses et des pèlerins s'y installèrent. La première église du monastère fut consacrée le 14 février 1883 en l'honneur de l'icône de Kazan de la Mère de Dieu et devint le principal temple de la communauté, où est conservée l'icône miraculeuse de Kazan de la Vierge. À droite de l'entrée de l'église de Kazan se trouve une pierre sur laquelle, selon la tradition, prêcha Jean-Baptiste. Cette pierre a été apportée des environs de Jérusalem, près du « désert » de Jean-Baptiste, à proximité du village moderne d'Even-Sapir.

En 1898, la communauté des religieuses obtint le statut de monastère de la part du Saint-Synode, et en 1903, des ateliers d'icônes et de broderie d'or ouvrirent ici, fournissant des moyens de subsistance au monastère.

En 1910, la construction d'une cathédrale commença, qui devait être consacrée en l'honneur de la Sainte Trinité, mais les travaux furent interrompus en raison du début de la Première Guerre mondiale.

En 1914, environ 200 religieuses vivaient au monastère, qui, à la demande des autorités ottomanes, furent contraintes de quitter la communauté et de déménager à Alexandrie. En 1918, elles revinrent au monastère déjà endommagé, qui fut restauré grâce à leurs efforts.

Depuis 1920, en raison de l'absence de communication avec le Patriarcat de Moscou, le monastère et la mission spirituelle russe passèrent sous la direction de l'Église orthodoxe russe à l'étranger (ROCOR). En 1924, la communauté de Gornensky retrouva son statut canonique de monastère.

De nombreuses religieuses qui arrivèrent dans la communauté durant ces années étaient des émigrantes russes, fuyant à travers la Bessarabie et la Serbie vers la Terre Sainte. Seules quelques postulantes étaient arabes.

En 1945, après la visite du patriarche Alexis I en Terre Sainte, un désaccord sur la question de la juridiction surgit parmi les sœurs, et la majorité soutint le passage au Patriarcat de Moscou. Le Patriarcat de Jérusalem offrit à ces sœurs une église grecque à Ein Karem. En juillet 1948, lors de l'opération « Nachshon », des bombardements commencèrent à Ein Karem, et les sœurs s'enfuirent vers la partie jordanienne de la Palestine (monastère de l'Olivier).

Après la création de l'État d'Israël en 1948, le monastère et les bâtiments de la mission spirituelle russe furent transférés par les autorités israéliennes au gouvernement soviétique (Patriarcat de Moscou). Depuis le milieu des années 1950, le monastère est devenu le seul monastère féminin du Patriarcat de Moscou en dehors de l'URSS.

En 1997, la construction de la cathédrale en l'honneur de la Sainte Trinité reprit, achevée en 2007 pour le 160e anniversaire de la communauté. Le 28 octobre 2007, le temple fut consacré selon un petit rite en l'honneur de tous les saints ayant brillé sur la terre russe, et le 12 novembre 2012, le patriarche de Moscou Kirill procéda à la grande consécration du temple. Environ 60 sœurs résident dans la communauté.